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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (91881 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (18 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       2212       2340   1   Internal    129    78        Good
ttttcagctcctttgactttgcggccccgggcgcgcggtcggggcggcggcagtcccgga
cctctcccgactcttggagagagagaggcaaaggggcgacgggagggaggtaatagtcta
cccccccgccctttccccgcacagctgcacttgcctgtgtttacttttctccacccgcag
TACTTAAGCGCTGTAATGAGAGGCCCGGGGACGCCGACCACCCCCGCCCTGGCTTCTCGC
CAGTCCCAAAGTTGCTGCCGCCGTCGCTGCTCCAGTGTGCTGGCGGTTCCGACCGCCGGG
CTCCGGGAC
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tgcgatgctccttgcctctcacctgagctgcacgatatccccagtggtgcagaaggttga
acttttgcagaaggttgagcttggagctaagtgggttggagagcctcgccatttagcgtc

Exon  2 +      11891      12006   1   Internal    116    83        Good
tacctgacttgtggaggaggaaaaaaaagtaggggcaaagagaaaatatattattgaaaa
cttaaaatgctgaggatggcagagggttataaagtaaaccaatatgttttcatgatgaca
tgtagcctttaaaaatggctgaatctaaaacatatttatgatgcccattattttatctag
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ccaaattatcattaagcgtaactaacagaaaagtaatattgatagatttacatgtttaaa
aatataagccaacccatgcattcagtattttatcctcaaacaaggtgttccagctttagt

Exon  3 +      18096      18201   1   Internal    106    67    Marginal
gcaccttatatatgtcagatactattctaggcactggggattacagccgtcaatgaaaca
gacaaaaatcaccgtctttatgaagcttacatcctactaggggagagatagaaaataaac
aatgattttatatattagatgctaatgtgttatggagaaaaagtaagattaatggtatag
GAAGTGGGAAGAAGGGTATTGCCATTTCAAAATATGTGGTCACAGAAGGCATTACTGAGA
GGGAGATATTTCAGGCAAGATATGAAGGAAATCAAGGAGTATCCAT
gtgaatgtttggggagaagtgtcacttgaacaagtaaaaaatatttctaataacagatac
ctaaatcatcatacattgatgtgtttcagccctgaaattttcctttatgacaactccttt
ttattttggtattgaacagaaaaaaataactttcacccagatcaaacactctagtggagt

Exon  4 +      33498      33636   2   Internal    139    61    Marginal
gagtccttatatgattttggggaaaaaaaaaaaaggaagaagaaaaaagaaaacttttct
ctgtaaatgctgcatttaaattagaatttattaaattctctgcaaaataccgccaggctg
acaggaaggggattcgtaagtattgtatcattcttttgtcagggtgttctctttttctag
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aatactaaatgattaagcaggaatttacgtcaaaaagcttgaaattcctgttatttattt
gggtaaacatttggagtcactttaaaaatattatttattcaagtagaataaaatttttgt

Exon  5 +      50279      50327   0   Internal     49    82        Good
aagctgtatgtagagacatggtaacctattcagattgttttgatagtttgaaattctgtt
taaattatccctaagatgagaacttagcaagagtgcttatatttatcacaattttttaaa
gtctgaaacgtttttggtttttctttagatctttaaatggatgagatggctaccactcag
ATTTCCAAAGATGAGCTTGATGAACTCAAAGAGGCCTTTGCAAAAGTTG
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tctctataaatatcacatgaatggttaatcaaaaacattagggcaagatagttaaaatag
atgggataaagttttggaagctatacttaaaattgttttatttcttttttttttttttgg

Exon  6 +      62260      62413   2   Internal    154    98   Excellent
ctttttccatttaaatgtccatttccctttcaaacaactttatgttccccacaataagaa
aatattttatgtaagtgagcttatgaactgaacctcaaatgaagggaaatactctaactt
ctgtctttcaattttttttccttttttgcttgctctccttttttacaaagatctcaacag
CAACGGATTCATTTGTGACTATGAACTTCATGAGCTCTTCAAGGAAGCTAATATGCCATT
ACCAGGATATAAAGTGAGAGAAATTATTCAGAAACTCATGCTGGATGGTGACAGGAATAA
AGATGGGAAAATAAGTTTTGACGAATTTGTTTAT
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gttatagtattaagtactgttatgttaagttcttaaatatatcatattagtactgttata
acatttctgtcatcctgcccactaaatgtacttcttttagctgctggaatatcttaacaa

Exon  7 +      69225      69331   2   Internal    107    87        Good
ttgtttagcatttcaaaaactcaagcccagttttttgtatcttttaacatcagctatgga
aaaaatgtaagtgatcaagatataaaagaatataaatatgcttattgtgcatagtttgaa
attaattgtgaatcaacaaaattactttaattaatagatttttcaagaggtaaaaagtag
TGATATTGCCAAGACCTTCCGCAAAGCAATCAACAGGAAAGAAGGTATTTGTGCTCTGGG
TGGAACTTCAGAGTTGTCCAGCGAAGGAACACAGCATTCTTACTCAG
gtaatcattttatatgcaataggttaacacaatgtgctaagtgggatggttgctgtaatg
tcaaggacgggctctagaaaaacattaccttctaattaagaatacagtagaagtcctttg
tgacatgtatttaggcttgagactaatacttgtcataaaggcattataagtgtttattgt

Exon  8 +      69839      69971   1   Internal    133    97   Excellent
attttgtaattcctaataaccactgtgttgcatccaagtgtctgggtttccacacagaat
aaccacatgtttctgacacattaactttcagcactactgcacaactattttaggctttgg
agtcaaatatttaataagttagagtatgaactaatgtcttgttatttaacataattttag
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GTAGACATGTTATACCAATGAACCCTAACACCGATGACCTGTTCAAAGCTGTTGGTGATG
GAATTGTGCTTTG
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tatttgtttctgcatgcttgacaggttcacctcaagaaataactagaatggaaaattatc
caggttctgcctttttcatttaatctctaggtctgtccatgaatctaaaattcagccata

Exon  9 +      74004      74085   2   Internal     82   100   Excellent
tttccatatgtgtagtttattatgatcaacatgataaaagtcatctagctgcatttttta
gagtacatgaaagagatgttatagtaagctttaaaatatttgtaaatatttacagccact
ttataaaaggaaatcagctctttttttttacatcagcctttttttaaatttttgtttcag
TAAAATGATTAACCTTTCAGTTCCTGATACCATTGATGAAAGAGCAATCAACAAGAAGAA
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acttcagcctctgcactctgtaggctcccaatcaatccttgtaaaaactgttgagtgtgg
gattgttatccagattatacagacagaactgggactcagaaaggtttctgagcttgcctg

Exon 10 +      74885      75134   0   Internal    250    61    Marginal
tgtcttagctaggctttctaacacaaaactctggaatttgttttttgtgacacatatatg
gatgaaattaatacagggtattaatttcctcattgaatgttattttcagtgaagggagaa
agtagactgctaaaaaatggaaaggtcaagaagcaagtgtgtaatttggctgtcttgcag
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GGTGCAGAAGATTTGAGGGCTGGGAAACCTCATCTGGTTTTGGGACTGCTTTGGCAGATC
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TCATTCTGGCAGTTGTTTATTGGTTATTTTTTTCTAGTCATGCAGACTTTCGTGCTCTCA
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attcattttgcaataatgacacaaaagcacagagagattaaggagctttcctgaagtcct

Exon 11 +      76694      76813   1   Internal    120    75        Good
atccttgactttagaagtgttaaataagaacaacttatacaaacatatgacataatgtga
agcttgcattaagcttaaaggccataacctcatttggtatttgaaatgtgaagaataaca
gagaaaagaataaattgtagtattatgttattatatctgttatatatttatcttttttag
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TTAACAGTGTCAAAAGACTGAATGAACTTGGCATGACCATTATTGTGTCATATAATAACT

gtgggatttttttttttttcttctagccttggctgctttactccgagatggtgagacttt
ggaggaacttatgaaattgtctccagaagagcttctgcttagatgggcaaactttcattt
ggaaaactcgggctggcaaaaaattaacaactttagtgctgacatcaaggtaactgttga

Exon 12 +      76840      76982   1   Internal    143   100   Excellent
gttattatatctgttatatatttatcttttttagtagattatgagtatcttgaaactagg
aactatgtcatagtagtttttgcacctctattacttaacagtgtcaaaagactgaatgaa
cttggcatgaccattattgtgtcatataataactgtgggatttttttttttttcttctag
CCTTGGCTGCTTTACTCCGAGATGGTGAGACTTTGGAGGAACTTATGAAATTGTCTCCAG
AAGAGCTTCTGCTTAGATGGGCAAACTTTCATTTGGAAAACTCGGGCTGGCAAAAAATTA
ACAACTTTAGTGCTGACATCAAG
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aaggtagattttagaagagtaatagagccagataaggtacattagcacctatgttttatt

Exon 13 +      80412      80507   0   Internal     96   100   Excellent
agacagatataaggcagatagatggacttttctggggaaaacacctgttaaattaaaagg
cagagatttgtgccatttattctcaaaaaatccaatgcaaatagccttccaaacatggga
caataggatacattcattccttgtaactgtgatctcactgacattttcaattctttgtag
GATTCCAAAGCCTATTTCCATCTTCTCAATCAAATCGCACCAAAAGGACAAAAGGAAGGT
GAACCACGGATAGATATTAACATGTCAGGTTTCAAT
gtaagtataagtgctcttttgaattctacaatcttgcaaaattattgtcaatttcttata
agtacaataatttttataatcgtatgaagtagagttggcaattttaagcattattttaaa
atgtattactgtacatgtaattcagaggccagaaaactagctttgatttattttgattgt

Exon 14 +      83317      83512   0   Internal    196    80        Good
ttacaggtactgcatctccaagagggccaacctttttttttgcattcaaaacaattttat
aataagtaccatatgttagctaaaagaaagtagaactgtatacccagactatgacagtgg
ggaaattttctatatttttagtgtggcctttgacaaagtcttccgattttgtttcaacag
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AGACAGTTTGTTACCCCTGCTGATGTTGTCAGTGGAAACCCCAAACTCAACTTAGCTTTC
GTGGCTAACCTGTTTAATAAATACCCAGCACTAACTAAGCCAGAGAACCAGGATATTGAC
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gctgagtaaaaactggcaggaaagtacgatacaagtgaacttttaaagtaaagtagtcga

Exon 15 +      86414      86547   0   Internal    134    93   Excellent
tatttttattctcgattaatttcttttgtttctaaaactcttgacgctgagcttcttgag
gacaaaactgtgtcttatttgtttttgtgtgctgatacctagcattatacaagacacaca
cacacgtatgcagattaaacaaatggaagtctttaaccatttactcttgtgcctttgcag
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GGCATTGGAGGGCAAGACCTGAATGATGGGAACCAAACCCTGACTTTAGCTTTAGTCTGG
CAGCTGATGAGAAG
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ttactgtgtttaataagtggatatgtcgataactacacttttgaaatatgttatatttac
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Exon 16 +      87562      87685   2   Internal    124    99   Excellent
ttgcagtgagcaggagattgcgccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccg
tctcaaaaaaaagaagaaaaatttaagaaatataaaaagtggaagataaagcatctttct
gatgtttgcatttttcctcataaagtagatggtgacgttttcttctgctgcctctcttag
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TGTGAACTGGGTGAACAGAACGTTGAGTGAAGCTGGAAAATCAACTTCCATTCAGAGTTT
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Exon 17 +      87905      88029   0   Internal    125   100   Excellent
ggataacatctatcatttgggaaggcaacttttggcttctttgtgagtgagaattagtgt
tgggctaatggcacaattctttacgaattcactgggctttgtttttggcacttgatataa
gtaagcacatgttaatttgtatgtatcaaaattctcagatttgttctcctttcacactag
GACAAGACGATCAGCTCCAGTTTGGCAGTTGTGGATTTAATTGATGCCATCCAGCCAGGC
TGTATAAACTATGACCTTGTGAAGAGTGGCAATCTAACAGAAGATGACAAGCACAATAAT
GCCAA
gtaagggagactgctaatagtatgaaaagaacgcagctttgtagctggacagatctgaat
tctaattcaggttctgccatttaagagtggtgtcaccttgggagaaacctcttggagcct
cagattcctcatcaataaactgggggcaataatacttaccttagattttataaagattaa

Exon 18 +      89441      89541   2   Internal    101    60    Marginal
ttcaaagtgaaatcaaaacccaaatcaaaagaaaacaaaaagcaaaactgttctaattgg
aactatcaatatggaatttttgcatcccagcataataattatatatgaggaaatagatgt
cttacgtggtgtccttaactgacaagaatttcatcctgattttgtttccccctaaaatag
GTATGCAGTGTCAATGGCTAGAAGAATCGGAGCCAGAGTGTATGCTCTCCCTGAAGACCT
TGTGGAAGTAAAGCCCAAGATGGTCATGACTGTGTTTGCAT
gtttgatgggcaggggaatgaagagagtgtaaaataaccaatctgaataaaacagccatg
ctcccaggtgcatgattcgcaggtcagctatttccaggtgaagtgcttatggcttaagga
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