-------------------------------------------------------------------------------- GrailEXP v3.31 [March, 2002] http://compbio.ornl.gov/grailexp/ Authors: Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and Edward C. Uberbacher, 1996-2001 Reference: "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences", Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4, Number 3, 1997 Sequence: >GrailEXP Input Sequence (48294 bp) -------------------------------------------------------------------------------- PERCEVAL Exon Candidates (13 predicted) Index Std Begin End Frm Type Len Scr Quality Exon 1 + 6431 6564 0 Initial 134 100 Excellent tcagcagcagtgctcggtgcttggagagagacactcttgagcttcaggagatgcctggga gatccacgtgatctccaaagacccctgttgtgttgtgttgggaggtggatcctgaatcca cccagagaagcctgataccaataaaatccctgcttgctttccaggagacccttggtcttc ATGTCTTTGGTGTGTGCACTCTTGAACACATGCCAGGCACACAGGGTGCATGACGACAAG CCTAATATTGTCCTAATCATGGTTGATGACCTGGGTATTGGAGATCTGGGCTGCTACGGC AATGACACCATGAG gtaaggcggtttcatggccagtcatacgttcgtcagtcgttcaggttcagcaggctggct gtacggctgcatctatgtgcaaaaccaaatgtatttgttgggacttttttttaagttact ttaaactttttgatagttttaaattatttagattatgtaatagttttacaattacatttt Exon 2 + 6578 6654 0 Initial 77 57 Marginal 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11058 2 Internal 122 67 Marginal ctgtctctctctctgcctcgctttctgggtctctccctctctccctgtctgtctctcctc tctctttccacctgtgcctttctgtttgtccttctctgtcttcctctcgctcttcctctc tgcttcccccgccccccaccttttccttctctccaatacaccttccctctcccccttcag GACGCCTCACATCGACCGCCTTGCCAGGGAAGGCGTGCGACTGACTCAGCACATCTCTGC CGCCTCCCTCTGCAGCCCAAGCCGGTCCGCGTTCTTGACGGGAAGATACCCCATCCGATC AG gtgcgcaaactggcgggctctgctgggctctgccctcatgttaggatgtgaggaaacaaa aatgtggcttgaccacgttaacaagtaaaaaagggctgggcacgatggctcacgcctgta atcccagaacttcgggaggccaaggtgggaggattgcttgagcccaggagtttcaaacca Exon 5 + 18632 19055 1 Internal 424 78 Good gaacaaaaaaaatgtggctaagtggcactcggattttttagaggaaggagaatatctctg ctactttatttttgtgtattagctgattgtttcacgtgaagaatgctcacatggtttttg caatgtgctggcatatgttgacatattgatgcgtagatgtgtttgtgtgtttggttttag GCAAATGGCACCAAGGCTTGAACTGCGACTCCCGAAGTGACCAGTGCCACCATCCATATA ATTATGGGTTTGACTACTACTATGGCATGCCGTTCACTCTCGTTGACAGCTGCTGGCCGG ACCCCTCTCGTAACACGGAATTAGCCTTTGAGAGTCAGCTCTGGCTCTGTGTGCAGCTAG TTGCCATTGCCATCCTCACCCTAACCTTTGGGAAGCTGAGCGGCTGGGTCTCTGTTCCCT 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