GENSCAN 1.0 Date run: 17-Jan-104 Time: 02:58:45 Sequence RXRA_1 : 41354 bp : 62.36% C+G : Isochore 4 (57 - 100 C+G%) Parameter matrix: HumanIso.smat Predicted genes/exons: Gn.Ex Type S .Begin ...End .Len Fr Ph I/Ac Do/T CodRg P.... Tscr.. ----- ---- - ------ ------ ---- -- -- ---- ---- ----- ----- ------ 1.01 Init + 672 747 76 2 1 81 47 41 0.505 0.66 tgagcgtccggtgcccgggcgaccactgctgtggcacctgagcaggtccaggcagtgtgg cctgctggttagggccacagacatgggagtgggtcagcaggcgccgccagtcctggcttg gccacaggtggctctgagtactcagggcctggcttcccgcatctgtaaaatgggagaatc ATGGTGCTCACTGCTGACCTCCCAAATCCACGAATTTACCCACGCTCAGAACTGACCAGG TCCTGGTACACGGCAG gtgctcggcgacatcagcctttctgcctttcatgattattcccagaccttcaccttgagt ccctgtggagatgggcagaggggctgactagtcccggccaccagccactcctcccactgc tttcccaggtggacgggcctggagtgctgagggttggagcgacccaggcgggcatcctgg 1.02 Intr + 1202 1452 251 0 2 128 109 288 0.852 33.30 cacacctggcccgtagtgagtgtgaatttgcgtcagagagctgtcgagacccacggggcc accttgagggtgccggggtcttcccgcaggtgcgtgcatctgtagctggggggagcaggc atttggtggggcctggagtcacctgcactgaccactctcctgcggcttcttgtcttgcag ATTTCTCCACCCAGGTGAACTCCTCCCTCACCTCCCCGACGGGGCGAGGCTCCATGGCTG CCCCCTCGCTGCACCCGTCCCTGGGGCCTGGCATCGGCTCCCCGGGACAGCTGCATTCTC CCATCAGCACCCTGAGCTCCCCCATCAACGGCATGGGCCCGCCTTTCTCGGTCATCAGCT CCCCCATGGGCCCCCACTCCATGTCGGTGCCCACCACACCCACCCTGGGCTTCAGCACTG GCAGCCCCCAG gtgagtgcggggctggggcaaggggagggggtggggcctggggtggggctgtggcttcaa ctgcaggacgaccgcctcatcttgaggcctctgggaggtaggtgctgtggtctccccgct tgacgcagagtatacagagcctcggggagcagagtgccgtgggggtttgagcccaggtgg 1.03 Intr + 7719 7869 151 2 1 97 86 214 0.959 23.02 aagcacagtggccccgctgctccggagcagcgtggcgggtggggggcacggccctctcta gcctcggtgtctgtgtgtgaagttgggggtacagctgcgccatccttgctgcagggccgt gggggacatagggacaaacctggtgtacaccccgctgactgctgtggttgccccccccag CTCAGCTCACCTATGAACCCCGTCAGCAGCAGCGAGGACATCAAGCCCCCCCTGGGCCTC AATGGCGTCCTCAAGGTCCCCGCCCACCCCTCAGGAAACATGGCTTCCTTCACCAAGCAC ATCTGCGCCATCTGCGGGGACCGCTCCTCAG gtaccgctgctgtgggggccaggggctggtgggacagggttgtcaggccattgcagggtc tggaggcctccccaaatcaccctcctgtgggccaagcaggacccaaggccagggtgcagg gaggcaggtgcctgggccatgccccactcccagggctccgcgaggccattccagggttct 1.04 Intr + 8510 8689 180 0 0 115 102 431 0.994 48.24 cctcggaggagcagagagagtgaggctggggcccagtctgagcccaggcaggggtctgga gaccagcaggtccctttctgaggcctggcccgccagctggtagtggcggcgttggatggg gggtgggctccctgccggggcggtgggtgctccccagccctgctctgccctgtcccgcag GCAAGCACTATGGAGTGTACAGCTGCGAGGGGTGCAAGGGCTTCTTCAAGCGGACGGTGC GCAAGGACCTGACCTACACCTGCCGCGACAACAAGGACTGCCTGATTGACAAGCGGCAGC GGAACCGGTGCCAGTACTGCCGCTACCAGAAGTGCCTGGCCATGGGCATGAAGCGGGAAG gtaggccacggcgtcgggtgggggcgcgggcaggtgttggacaaacagtggggcccgggc ttgtgcgtggacacccgagatggacaacagggagtgagtggcctggacagaagcatggca aggccaaggcaggagtgggggcggggcccagcgcgtgggcacacgtgcggcccagagcgt 1.05 Intr + 14315 14419 105 0 0 64 31 138 0.285 7.05 ctctgtggggctggggttgtcggatcccagggcctgcagctttaggctgctcactgtctt gagcgctcagccctgcccctttggctctcagagcctcagcttccccactgggaagacagc agtgccagctatgtcttggcactgagactttagaattctgcccttgctgcccatccttag GGTCTCAGGGACCTGGGCCAGTGGAGGTGCCGTACCCCTCAGCTCAGATGCTGGCTGAGA TCTGCGTGTGCGGGGGCTTCCTGCCCCGGGGGCTGCTCAGCGTGG gtggggtcggctctataggctcaggaccctgtatggagggtcgtgtcagtagtgaccccg ccccggatgagcaccgccctctggagggctcatggaagtcccatgtgggggctgaccgga gccttctgcagcctctgccagacccttgccatttgcccaccagccctgctccccatcctg 1.06 Intr + 16728 16897 170 1 2 57 109 377 0.991 37.56 cacaaccacacggaggccaggcctggggcagagatggggtctccatcacccagtgctggt ggggatgctggtgttgtgggtgagttggctgggagctggcaccacccggccaggacagcc ttccctgggagccactggccgggctgagcgtggggctcacctgcgcctcccgggttgtag CCGTGCAGGAGGAGCGGCAGCGTGGCAAGGACCGGAACGAGAATGAGGTGGAGTCGACCA GCAGCGCCAACGAGGACATGCCGGTGGAGAGGATCCTGGAGGCTGAGCTGGCCGTGGAGC CCAAGACCGAGACCTACGTGGAGGCAAACATGGGGCTGAACCCCAGCTCG gtgagttgcagcctgtgcaggggtgggcagcctcacatgcctcagtttccctcactcact caccctcccacctgagcagctgatgagccagagaggtcctgggggctgccctgggccctg tggctgcctcagctcggcctcttacctgaggtgaccccgtgggcccctcgccccagctgg 1.07 Intr + 21246 21375 130 2 1 106 109 206 0.995 25.94 cccatgtgccatgcaaggtcgcatagtcccaggttctggggattggggcctgggcatctt tgggggccgtattcagcgtcctgcatgggcccagcgtgtggcagggcctggtctgggctg tgtttggtcagtacactggcttctgggactgaatgtcctgctcttcttcctccactgcag CCGAACGACCCTGTCACCAACATTTGCCAAGCAGCCGACAAACAGCTTTTCACCCTGGTG GAGTGGGCCAAGCGGATCCCACACTTCTCAGAGCTGCCCCTGGACGACCAGGTCATCCTG CTGCGGGCAG gtgagtggcgaggcctaggtggggatggggatgccatgcagatgggacacgtaccaggac actcccccctcccgggatactccgcactcccgggacactcccctgtcctgggacactccc ccctcccaggacccactcctacctcccgggacactcccctctcctgggacacactcctac 1.08 Intr + 23328 23716 389 1 2 75 50 147 0.475 5.42 ggaggagccaggataatctcccatctcaaagtccttgacttaatcccgctggcctcgtgt ctggtgggtccttgcccctctgggcctgaggcatgtggctgtctgccgttgcgggctcag acttctttcagggtatggtgagtattccgcctgccaagggaaccctgcccttgtttgcag GGGCTCCCCCAGAACCCTCGGTTCAGAGCCCCTGGCTTTGCCAGCTGCAGGCCTGCCTGA CCCCAGTGGTCCTTGGAGAGATAGCCAAGGCTTTTGCTGAGAGAGGGCGGTGCTCCCACC CCACCCCAACCCACCAGACCGATCCAGAGAACAGCTGGCCGCACGCAGCTCTTTTCCTGG GGATCCCAGATGGTTGTGCGCTGGGGGCCTGGCGGAGGTCCGAGTCGGGTTGGATGGCTG TGTCCGTCGCCATGTTTGTGTGGTGCCTGGCCCTGTGGTCCCATGTTCTGGCAGCTTCTG GCTCCAGCCTCAGCCTGTGTGGGGTGTTCGTGGTGGAGTGCGGTGCTGAGGGCCTGCGTG GGGTGGTCGTGGTGGAGTGCAGTGCTGAG gttagagggtttctgtggctgtccctcttaggtgggcacctgcctgtggtctccctgcag ctgtcaggtgggggctccccgcaaggcccttcccttagcccagagccctggtgccatgag tccccaggcccttctaggatgcctggaaagccatcccgtggcatctctgcgagggtggcc 1.09 Intr + 23777 24056 280 1 1 90 77 39 0.217 1.30 gccctgtggtcccatgttctggcagcttctggctccagcctcagcctgtgtggggtgttc gtggtggagtgcggtgctgagggcctgcgtggggtggtcgtggtggagtgcagtgctgag gttagagggtttctgtggctgtccctcttaggtgggcacctgcctgtggtctccctgcag CTGTCAGGTGGGGGCTCCCCGCAAGGCCCTTCCCTTAGCCCAGAGCCCTGGTGCCATGAG TCCCCAGGCCCTTCTAGGATGCCTGGAAAGCCATCCCGTGGCATCTCTGCGAGGGTGGCC TCTGCTCCTGCCCAGCGGCTCTTTCCGGGAGATCTCTGCGGCTGCATGTCTCTGAGTGGG ACTCCCAGCCTGACCTCCCCCTGGGCGCCCACTGAGGTCCTTGCTGACCTGTCTCCAGTG GGCCCTGCTCATGCATGCTTCTGGCTTCGAGGGCCGCATG gtgaggtctgaagctgcatttccggcatgagtcccagccccactacccacgagcagctga ccttggctgagtcacttactctctgtgcctcagtgtccttgtgtgttctgtctgccgggg ccagcagctcacccatcaggtggtctccccaagccccagtaaggtccactgaagcacacg 1.10 Intr + 25433 25489 57 0 0 70 78 34 0.334 0.60 cccctggtcttgttaatcctgcccacatctctggccccagaacacagggtaagccaggct gggctcttgtcactgccgccctgggacgggatccccatcacaagccccatggggacagca gccgtgactctgggggggccctgccctgccttgtgagtgtggactcatttaactctccag ACCACCAGGAGTCGGTGTTATTACTGTCCCTTGTGCTGCGGAAGTGGTGGCTCAGAG gtgagacaggaacgtggctgagccaggttggagcccgaggccccagcttccccacctgac ccttgactctgtgctgttccttccggaagcgctgtccaggggtcctgcaaccccagcaga ggccctgagcgtttgggcagggccacgagggatctgcaggagtaagttccttgggaaggg 1.11 Intr + 25579 25650 72 2 0 68 83 23 0.527 0.33 tgccttgtgagtgtggactcatttaactctccagaccaccaggagtcggtgttattactg tcccttgtgctgcggaagtggtggctcagaggtgagacaggaacgtggctgagccaggtt ggagcccgaggccccagcttccccacctgacccttgactctgtgctgttccttccggaag CGCTGTCCAGGGGTCCTGCAACCCCAGCAGAGGCCCTGAGCGTTTGGGCAGGGCCACGAG GGATCTGCAGGA gtaagttccttgggaagggccagcctcttgagttggaggacatagtgaccaagggagcag ccccaggcaagactctttgtcctgcgcttggagcctggagtaagacctggtatcctctgc atcactgaggtcctccttctgaaaggccagcgcaccctgagccgtttaaagctgtgtccg 1.12 Intr + 28678 28810 133 2 1 103 75 279 0.999 28.98 tgtagaacgggcattctcaggaacctcttttctgtggaacacttcatgggattggggttc cagagcctgtcaggatgggtcggtgacatgctgcctctgtagggtcccaccaggggctgg ggaaggggcgagccccgtggggcctggagacagctgagtgactgtgtgcctcctccccag GCTGGAATGAGCTGCTCATCGCCTCCTTCTCCCACCGCTCCATCGCCGTGAAGGACGGGA TCCTCCTGGCCACCGGGCTGCACGTCCACCGGAACAGCGCCCACAGCGCAGGGGTGGGCG CCATCTTTGACAG gtgggggtggtcccgggaggggcgagggcgcttcggtcacctccgccaccaggccagctg agttcagccaccttggccccggtgcacatcctgcctagtattatttcagtgcatgaaggg tgcacacatggaaaaagagaaaagcatgaggaggaggctcagagccctgtgccagccctg 1.13 Intr + 31475 31566 92 2 2 110 60 195 0.859 19.70 ctgggcctgggttccagcccactccctctcggggtgtctgggagtccttgccttggcttg gcccatctcagcggccctcgggccacgccgggctctccagaggccttgggtatctggggt gtggccctggtgagggctgcgacctaactgggatggggtgtctgccctcctcctctgcag GGTGCTGACGGAGCTTGTGTCCAAGATGCGGGACATGCAGATGGACAAGACGGAGCTGGG CTGCCTGCGCGCCATCGTCCTCTTTAACCCTG gtatggccttcctgccttgaggcttctggccccgttctctggtggggcagaggtgcctgg gcctcctcctggctgtacttcttgcctctggctacatgtggggccaactcccaccctcct tgagctcagtgtgcccccctcccagtgaaagtgtggccatgctgccttctgctcaccttg 1.14 Intr + 33672 33777 106 1 1 120 98 140 0.996 18.64 cgtccccctgccaccaggctctgggggagcgggcggaggcatgtccagcggcattcctcc accacctgctctgcccatggtggggcagcctgggagaccccacacaagcctgggtcctgg gggcaggtgcccgagacacgccccagctgagggttctgacctgtggcttcttcctttcag ACTCCAAGGGGCTCTCGAACCCGGCCGAGGTGGAGGCGCTGAGGGAGAAGGTCTATGCGT CCTTGGAGGCCTACTGCAAGCACAAGTACCCAGAGCAGCCGGGAAG gtgggtcccgccccgtcccacacacaccccagacccaggctcttgtctccagagccccca ccccctgcaaggccattttatgtgaatgagaaggtggcaccctccccaggcccagcccat gccagcaggtcctgagcaggcagcaggaggtcctccaggccagtgggctgtggcgggcac 1.15 Term + 36037 36184 148 1 1 96 47 163 0.851 11.32 gtttccttctagcctcccctccttccttctggaggcttggcataggcagattcagggcta cagaccagcctcagaggggttggggtatcagacacagccccatccccagggaggcctcca gtgccagggcagaactgcccatgccccttgcccggccctcaccagacctgttccctgcag GTTCGCTAAGCTCTTGCTCCGCCTGCCGGCTCTGCGCTCCATCGGGCTCAAATGCCTGGA ACATCTCTTCTTCTTCAAGCTCATCGGGGACACACCCATTGACACCTTCCTTATGGAGAT GCTGGAGGCGCCGCACCAAATGACTTAG gcctgcgggcccatcctttgtgcccacccgttctggccaccctgcctggacgccagctgt tcttctcagcctgagccctgtccctgcccttctctgcctggcctgtttggactttggggc acagcctgtcactgctctgcctaagagatgtgttgtcaccctccttatttctgttactac 2.03 PlyA - 38704 38699 6 -0.45 2.02 Term - 39200 38974 227 0 2 46 50 134 0.293 3.33 2.01 Intr - 40394 40237 158 1 2 51 91 103 0.521 7.75 Predicted peptide sequence(s): >RXRA_1|GENSCAN_predicted_peptide_1|779_aa MVLTADLPNPRIYPRSELTRSWYTADFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSP GQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSS EDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVR KDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREGSQGPGPVEVPYPSAQMLAEI CVCGGFLPRGLLSVAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETY VEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGAPPEP SVQSPWLCQLQACLTPVVLGEIAKAFAERGRCSHPTPTHQTDPENSWPHAALFLGIPDGC ALGAWRRSESGWMAVSVAMFVWCLALWSHVLAASGSSLSLCGVFVVECGAEGLRGVVVVE CSAELSGGGSPQGPSLSPEPWCHESPGPSRMPGKPSRGISARVASAPAQRLFPGDLCGCM SLSGTPSLTSPWAPTEVLADLSPVGPAHACFWLRGPHDHQESVLLLSLVLRKWWLRALSR GPATPAEALSVWAGPRGICRSWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVG AIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAY CKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT >RXRA_1|GENSCAN_predicted_peptide_2|128_aa XRPQAQCPRLLRGALTEAPAPCPLEEQQSPVDRERTLKSMAHRGCQPRRTGPAGPSWVPH GEGLGVISSTATRPPAQNSWETPCSENRRSGLSFPEAVCFQGAEGRRLTQAPGWKVLAGQ LPSMPDAA