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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (38201 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (18 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       1539       1581   2   Terminal     43    90   Excellent
gcagccccctggaggccccggagtggcgacctcagtgttgcagcgatctcgtgccccttg
ggtgcgccttgaggccgaggcaagctccttcggggtcctgggctgcgggcaaaggattcg
gccctgtgaggagttgggttcggcctgtcccagacaggccttgcccacatcccatcacag
GGCCGTGGACTTGAAGCGGGAGCGTGAAATCCCCATAGACTGA
atgcatttcctttctacctgttctctctccccttttatttttatttttatagtattttat
ttttaatttttttttgtagagacggggatttcgctgcgttgcccaggctggtctcgaacg
cctgagctcaagcaatccgcccgccttggcccctcaaagtgctggaattaaaggcatgat

Exon  2 +       4213       4352   2   Internal    140   100   Excellent
tttaaggattgtaaaacagtgtttctatttctggatataataaatgtatttgctaatata
ataaatgaatagattagacccataaattatttacagtgttgagtcatttcccacagttaa
aatcaggatgaaaatatatagctgaatacttgatttgtttcttgtaactgatttctctag
TACAGAACCTGCTAAGGCCATCAAACCTATTGATCGGAAGTCAGTCCATCAGATTTGCTC
TGGGCAGGTGGTACTGAGTCTAAGCACTGCGGTAAAGGAGTTAGTAGAAAACAGTCTGGA
TGCTGGTGCCACTAATATTG
gtaagtttgggagagttttaagccacaagaaatgatctgtgaatgttgttgtagttaaga
aacatttgttattgaaataagactatcaagtgttgatgtagtaataaattattattttta
agttgaagttagcacctattatgtgcctagtacttagctaggtagtaataataataacag

Exon  3 +       6186       6272   1   Internal     87   100   Excellent
gggctagtaaatagccagaaaggactttataacaatgaaatatacaaaatgacactagta
tgtttaactaaaggtatagttatgactcttaaatttgcatatgttataaataatgtcaat
ataaaaactgatagcatgggtccgtttttaataaatatgtaaatattttaaactttctag
ATCTAAAGCTTAAGGACTATGGAGTGGATCTTATTGAAGTTTCAGACAATGGATGTGGGG
TAGAAGAAGAAAACTTCGAAGGCTTAA
gtaagttgactttttctaatcctattataaaataattgggtcacatgtctcagaattttg
agtaacactgtcttgggaaatgcaaaaacagttttttaaagccagttactagatatcatg
tatattttgttgttatagcacttgagatatcttagtccttactttacactctctttcagc

Exon  4 +       6452       6554   1   Internal    103    56    Marginal
agtaagttgactttttctaatcctattataaaataattgggtcacatgtctcagaatttt
gagtaacactgtcttgggaaatgcaaaaacagttttttaaagccagttactagatatcat
gtatattttgttgttatagcacttgagatatcttagtccttactttacactctctttcag
CTCTGAAACATCACACATCTAAGATTCAAGAGTTTGCCGACCTAACTCAGGTTGAAACTT
TTGGCTTTCGGGGGGAAGCTCTGAGCTCACTTTGTGCACTGAG
gtgatacaatatttttatccactcacttgaccccttagagaaacctctctgaaaattaat
tggaatcattattattttcagttttctatctcaacatctcaacttctagcttctgaattc
tgttttgtctcgctgccaatctaagtcatagtacttctgaaatgtgagcaataaatgaat

Exon  5 +       7357       7407   0   Terminal     51    77        Good
cctgccttggcctcccaaagtgctgggataacaggcatgagccaccacgctctgccctac
atatacattttaattataatatttgttagattctttaaaaaaaatttgttcgaagagtaa
taacaaaacaaatctgtgtttgtgaataaataaatcttaagatcatttatggttttgcag
TTCAACCTGAAAAACGAAATCAAAGCTTTTATCAAAGCAAAGCATGTTTAG
tgctctctgtctcactgtcttttagatgccaaaccttagattttatgatgactcctcaac
catttagatcttgattatctcagagggatcgtcagctttttaagaaaattttgagagaaa
agcaagtgaagaaaagagtagtcagtgcccaacatcatgggtctctcactgaacacacca

Exon  6 +       7608       7791   2   Internal    184    68    Marginal
tttagatgccaaaccttagattttatgatgactcctcaaccatttagatcttgattatct
cagagggatcgtcagctttttaagaaaattttgagagaaaagcaagtgaagaaaagagta
gtcagtgcccaacatcatgggtctctcactgaacacaccatgcctggtattctctcacag
CGATGTCACCATTTCTACCTGCCACGCATCGGCGAAGGTTGGAACTCGACTGATGTTTGA
TCACAATGGGAAAATTATCCAGAAAACCCCCTACCCCCGCCCCAGAGGGACCACAGTCAG
CGTGCAGCAGTTATTTTCCACACTACCTGTGCGCCATAAGGAATTTCAAAGGAATATTAA
GAAG
gtacagtaaattaatcctggttttcaagagtattggttaatgcacatgagcaaaagattt
actaaagatgtttattcttcagttgattctcttcccataaattattgagaaatgctttat
ttgcatttctcattaaagatttaacattaaagacttaactttaggatgatttactttttt

Exon  7 +      10969      11176   0   Internal    208    80        Good
gctctgcgttcctttctgtagaatataggaagacacctctttacagatcattctgtcaac
agtgcttcccttgatttgtgcgatgatgtgagaaccttgcgttggatgttgtaacttgag
ctgtgtaattcctataatattaaagtaatgtagaatattgtgtttgtgttttttaaacag
GAGTATGCCAAAATGGTCCAGGTCTTACATGCATACTGTATCATTTCAGCAGGCATCCGT
GTAAGTTGCACCAATCAGCTTGGACAAGGAAAACGACAGCCTGTGGTATGCACAGGTGGA
AGCCCCAGCATAAAGGAAAATATCGGCTCTGTGTTTGGGCAGAAGCAGGTAGTGATGGCC
GGTTACTTCAACGCCTCTTATTGCTCTA
gtgattatagcgggtttccattgtcccttccagtagaatggagaataaaatcttagaatt
gattttttttttttttttgagagggagtctcgcactgctgcccaggctggagtgcagtgg
tgttgtcttggctcactgcaacctccgcctcccagattcaagcaattctcctgcctcagc

Exon  8 +      14786      14931   1   Internal    146    72        Good
aatagcatctcaggtttcatttcacaatgcacgcatggagttggaaggagttcaacagac
agacagtttttctttatcaaccggcggccttgtgacccagcaaaggtatttaaaattttt
ttgtgttagtttgttctttatgcctttgacttttaattgataacttttttctgataatag
GCAGTTTACGTGGAGCTCGGGACTTTGAGAAACATGGCTTTAACATTATCTTATTTTGTG
CATTTACAGAAGTCTACCGCAGATGGCCCCCAGCTTCAGATGTTTCAACTGAAGACTTTT
CTGTCCGGGCGCAGTGGCTCATGCCT
gtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggtggattgcctgaggccaggagttcgaga
ccagcctggccaacatgacaaaaccccgtctctactaaaatacaaaaaataaccaggcat
ggtgttccacgcctgtaatcccagctacatgggaggctgaggcaggaggatcacttgaac

Exon  9 +      18187      18271   0   Internal     85   100   Excellent
catgattgctccactgcactccaggctgtgacaaggcgagaccttgactcaaaaaaaaaa
aaaacaaaaaagtatccccttctaagaacatgctggttggttagaatagaatgttgttag
aatgcggggggctgggaacatttgtcatttattcttttctactccttgtattttgtgcag
GTCTGCAGACTCGTGAATGAGGTCTACCACATGTATAATCGACACCAGTATCCATTTGTT
GTTCTTAACATTTCTGTTGATTCAG
gtaagttccattggcatttcagtacaactagtgactaatgcctcaaagaataaaatgaaa
ttctacagctctgctatgactggaatgagataacaatttatggtcatgtaagttttttgt
ttttgtttttttttgagacggggtcttgctctgtcacccaggctggagtgtggtggcgtg

Exon 10 +      20289      20444   1   Internal    156   100   Excellent
ttcggaggctgaggcagggagaatcacttgaacccaggaggcggaggttgcagtgagctg
agatcgcgccactgcactccagcctaggcgacagagtgagacgctgtctgaaaataataa
ttaataaataaaataaaagtgaatttaaacataataaatatgttttcttttttgccttag
AATGCGTTGATATCAATGTTACTCCAGATAAAAGGCAAATTTTGCTACAAGAGGAAAAGC
TTTTGTTGGCAGTTTTAAAGACCTCTTTGATAGGAATGTTTGATAGTGATGTCAACAAGC
TAAATGTCAGTCAGCAGCCACTGCTGGATGTTGAAG
gtaagaaaaatacagtgtacaaacagcttctaaagcttttagctaatgtgtttccttatt
ttttccaagtaaacttttttttgacatgaaaacaaagtctcttatattattttatcattt
ttaattcttttttgagacagggacttgctctgtcacccaggctggactgcagtggtgcca

Exon 11 +      23356      23485   1   Internal    130    73        Good
ctcagccaactaatctcgcaaccccaaacacaaagcgttttaaaaaagaagaaattcttt
ccagttctgacatttgtcaaaagttagtaaatactcaggacatgtcagcctctcaggttg
atgtagctgtgaaaattaataagaaagttgtgcccctggacttttctatgagttctttag
CTAAACGAATAAAGCAGTTACATCATGAAGCACAGCAAAGTGAAGGGGAACAGAATTACA
GGAAGTTTAGGGCAAAGATTTGTCCTGGAGAAAATCAAGCAGCCGAAGATGAACTAAGAA
AAGAGATAAG
gtaaagttttaattttttactttttctctttttatctaaaatttttatttttatttttta
tttttttgagacagagtcttgctctgttgcgcaggctggaatgcagtggcatgatcttgg
ctcactgcagcctccacctcccgggttcaagcgtttctcctgcctcagcctcctgagtag

Exon 12 +      27253      27420   2   Internal    168   100   Excellent
cattgcactgtagcctgggtgacagaacgagactctgtttcaaaaaaaaagaaagcggga
tggctagggactttattttgtttttgtattgtttgactttttttttattacagtgttcta
taacataatcagaaaaataatcttgtaaaatgtctgataattaacattttctacctgcag
TAAAACGATGTTTGCAGAAATGGAAATCATTGGTCAGTTTAACCTGGGATTTATAATAAC
CAAACTGAATGAGGATATCTTCATAGTGGACCAGCATGCCACGGACGAGAAGTATAACTT
CGAGATGCTGCAGCAGCACACCGTGCTCCAGGGGCAGAGGCTCATAGC
gtgagtgtgtttagtgttcattcccagactccccctcaaattgaagatctaatagaggcc
aaggcaggaggatcacaagaggccaggagtttgagaccagcccggacaacacagcaagac
cttgtatctactttaaaaaagaagagatctaggaaggaggggtgtaaaaaataaaaaata

Exon 13 +      30024      30226   1   Terminal    203    51    Marginal
gaccacttagggtcccagatggaccacacttcaagattaaaggataaagacccagttcca
ccctgccctgccagcccctgtgtagggtggccctgttgacctctgtagcttttcccgttc
gtcttccccttgttccctgtactcaagcctctctggctgtctttctttttcccttggcag
GCCTGATGAATCCCTATGTGGCCACTAAGCAGAATGAAGGATATCTTTATGTGTGGCTCT
GCAAACATCAGCGGTCCATCCTGGGGCTTGGCACAGATTGTTGTCCCTGTCTAGAATACT
TGTCCTGCACCCTGCACCCACTTCTCCCCCGTTACCTGATTAACTCTCTTATCCCCGGAC
TCAGCTCAAAGGTCACTTCCTGA
ccccagggtgaagtctctctatgacactggctgctttttcttcctgaccttcctgtcgtt
tctcatcataatcgacttgcctgagtatttgctcaacgtctttcttccccggtaatctgt
tggctccaggaccaagcctgtgtttgctcaccagctgtctcctgccttgagcagtgtttg

Exon 14 +      30233      30337   2   Internal    105    86        Good
cagaatgaaggatatctttatgtgtggctctgcaaacatcagcggtccatcctggggctt
ggcacagattgttgtccctgtctagaatacttgtcctgcaccctgcacccacttctcccc
cgttacctgattaactctcttatccccggactcagctcaaaggtcacttcctgaccccag
GGTGAAGTCTCTCTATGACACTGGCTGCTTTTTCTTCCTGACCTTCCTGTCGTTTCTCAT
CATAATCGACTTGCCTGAGTATTTGCTCAACGTCTTTCTTCCCCG
gtaatctgttggctccaggaccaagcctgtgtttgctcaccagctgtctcctgccttgag
cagtgtttgtcttatccagcactcaggaccagatgcagtggctcacactcgtaatcccag
cactttgggaggctgaagtggaaggatcgcttgagcccaggagtttgagagcagcctggg

Exon 15 +      31548      31648   2   Internal    101   100   Excellent
agagaaaattaaaaggaacttctcaggaagttttgtgacacttagctgagtagtgttgtt
atttgtgttgttattttgacatgaattcaaaatacagtattgttgttttcatttcatttc
tgctgtaaagctaaatgtttgacttcaggatatggtttgaatcatttttgtgtttttcag
ACCTCAGACTCTCAACTTAACTGCTGTTAATGAAGCTGTTCTGATAGAAAATCTGGAAAT
ATTTAGAAAGAATGGCTTTGATTTTGTTATCGATGAAAATG
gtaagttattaattagaactatagcggctgggtgtggtggctcacgtctgtaatcccagc
actctgggaggccaaggcgggcagatcgcctgaggtcaggagtttgagaccagcctggct
aacatggtgaaaccccatctctactgaaaatacaaaaagtagccgggcgtggtggcgggt

Exon 16 +      32487      32656   1   Internal    170    97   Excellent
ccatgttagccaggatggtctgtatctcctgacctcatgatccgctggcctcagcctccc
aaagtgcagggattacaggcgtgagccaccacgcccggcctcagatgttcatcctaagta
gctttcaagtgaaacgtgtttgtcaagtcatggatttttctcaaaattgtattcttttag
CTCCAGTCACTGAAAGGGCTAAACTGATTTCCTTGCCAACTAGTAAAAACTGGACCTTCG
GACCCCAGGACGTCGATGAACTGATCTTCATGCTGAGCGACAGCCCTGGGGTCATGTGCC
GGCCTTCCCGAGTCAAGCAGATGTTTGCCTCCAGAGCCTGCCGGAAGTCG
gtaagtaaagaaagcctggctgtcagctcagctgctcaagcttgcagtcgaggaaggtct
cagcccagctcctgatttggtcaaggttgtaaacgcctttgtgattgccaggggtcattt
tacacagagagctacgtgcagcgtcgtagctgagcatctgtgtcgtctgcgttctctgtg

Exon 17 +      32962      33009   0   Terminal     48    46    Marginal
agagagctacgtgcagcgtcgtagctgagcatctgtgtcgtctgcgttctctgtgacctt
gaactcataattattgctcttttgttacctctgttaagcagtattcttggccgggcatgg
tggctcaagcctctaatcccagcactttgggaagctgaggcgggcggatcacgagttcag
GAGATCGAGACCATCCTGGCTAACATGGTGAAAGCCCGTCTCTACTAA
aaatacaaaaaaattagccgggcgtggtgtcgggcgcctatagtcccagctactcgggag
gctgaggcaggagaatggcgtgaacccagaaggcggaacttgcagtgagccaagttcata
ccactgcactccaacctgggcgacagagcgagactccgtctcaaaaaaacaaaaaaaacc

Exon 18 +      36735      36845   0     Single    111    70        Good
gcttctctgggggaaggtttttcagggaaggtagtttttgagctgtaatcttgtccagcc
ttattttagagaagaatgcttctgaagagctgccattctgacgtcaaaaaactactaaaa
cgttgaaccattgtgtctcacactcaggtgatgattgggactgctcttaacacaagcgag
ATGAAGAAACTGATCACCCACATGGGGGAGATGGACCACCCCTGGAACTGTCCCCATGGA
AGGCCAACCATGAGACACATCGCCAACCTGGGTGTCATTTCTCAGAACTGA
ccgtagtcactgtatggaataattggttttatcgcagatttttatgttttgaaagacaga
gtcttcactaaccttttttgttttaaaatgaacctgctacttaaaaaaaatacacatcac
acccatttaaaagtgatcttgagaaccttttcaaaccagatggagcattgcttgcaaatt

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