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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (92557 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (23 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       3110       3184   2   Internal     75    58    Marginal
gagtgcctgactgcctattttttcttctaagtgctgattttaaggcactccctgggtctg
ggcctcaattgctttaagaattataaaagtttagctaccatttctgactatgttcttcta
ttagaattgaggtttctagggttccctctttctctttccttccaaatgtttccaactcag
TTCTCGGTATTACAGGAAAAACAAGGTGCTGTCAGAAGCCGCTAAATTCTTATCCCTATA
CCTGCTCCAGCTGAG
gtgggaggtcgagatgcttctccttttcaaatgttggagcggtggtccccaggctcctga
aatttttagctcatcagtaacaacatgttgtgcacatactacttgcaaggtctatatttt
taatttttatatactaaatgtatatgttatacatgttctacttaatgtgtaggttatata

Exon  2 +      15581      15693   0    Initial    113    76        Good
aattgagtgtagttttctcctgtgtatatgtgtatgtgtattcaggatatgtaattaaat
atggaaaagaaagtagaaagttaaaggttatcccagattccatcatcctgattaatactt
tttatctgtagataaacaacatgccaggcccccccgccccctctctctctctatatatat
ATGAGATTTAGAGCTGCTTTAATGGCCAAGAACTCTTTCTCCATTCTTTATTCCTCTACT
CATCCTCCTGCTGTCACTGCTCTCGAAGAAGCTAGCCAGCGCCATCGGAAAAG
gtgatagttgcaatccgtgtgtgagatgtgagtgtaggggcccaggggatcccttttccc
caacatacctgtctatctgctcgcttaacctgagattccaaaattcctagagaataaaac
ttttttattctataattaagtcgttttaagcatgcaatctcctgaaagaggcaataaaat

Exon  3 +      18047      18174   0    Initial    128    76        Good
tttaagtggatataagcaaacagtaggcagatgaatctacttcacttctctgaaggtatg
ggagaaaaaatgaactaagaagatgattttcttgaatttatcttttggtagggttttagt
gactttctgtacttgggttcatacaacaaatttttatcaagcaacaactatggataaata
ATGCTTTCGACAGTTTTCAGAGATAACTTGAAAAAAGATGTCTCTTATTTCCAAGAATGT
GTAGTCCTTGATGAAGGCAGGATGAACAGAAAGTACTGTGTGCAAAATGGCATTAATCAG
AAGGCTCA
gtgagttcctttgacatcactgagtaatatgattgcttattcaggctgaaggatttgagg
aagactacacaagagaaatggtatttcattggatctggaatgattaccaagactttaaag
ggtgaagaaaggatgaagagaatttcaggaaaagggcatgtatagagggttaatatttaa

Exon  4 +      31752      31867   2   Internal    116    61    Marginal
ttaacagttgaacctgataagcactatattgtatgagtatagttttaggagaaactgatt
cttacccatctttatatcttcatttagcccagccaaataggatttatttgttgaatacat
gaatgaatgaatttaaactcccttactaggggccacatgttggggcttttaagtaaatag
TAGAAAAGTCTTGGTGGCAAGTCTGACAGCCACTGAAGGCCATCCCAAATTGCAAATGCA
TGGGAATATAATGACCGTGGCTGGTCATGGAGATGACCATGGTGGCGGCCCGTGTG
gtgaggcagtagggaggggatgtaggtaagccctgtctgttctctgctttgctagaagat
ttctttgtttatatatctagtgtttgcacaagaggatcagaacttaaaagcttcacctag
ggaagaatgaaggctatatcattaactcctttgtaaaatgattaggaaaaagtttacaaa

Exon  5 +      32872      33008   0    Initial    137    74        Good
tttccccacatatacaacacaaggccagtgggaatataaaaatataaaatatcctttacc
tgcaaggagcaaacaatgataggaaggtgggatgaaaataaaatagcaaaataagaccat
tacaacacaacacataaccaagaataaattaatgtacatgaacggaataatacataagaa
ATGAAGACACTGAGCAAAGGAAAAGACAGAGGTGATGAAGTCTTATGCCAATGGGAAGGC
GTTAAGGATATGGGGGAATCGGCCTTCCAAGCTGTCAAGTTGAGAGTGGAGAACAGAGAC
CGCATTAATTTGGCAAT
gtggggtataatgaaatggtaaatacttgggaagactgaagcagaaaaaagtcccaatgt
taaaataacagtgtattgttattttttgtttttgtaggagattgtcaggcctccctttaa
gagatcacaagccgggcaccgtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggctgag

Exon  6 +      38235      38352   0    Initial    118    65    Marginal
ccattccaataaacccgtcctaagtaaaaaatatattttgtatacctaatctagtgaacg
tcatagcttagccttgcataccttaaacatgcttagaatgcttacagtatcctaaagttg
ggcaaaactttctgacaacgtggtaaatgtagagtattggttgttcacccttgtaatcgt
ATGGCTGAACGTGGCTCACCACCTCTGCCCAGCATGGTGAGAGTATCATACCGCTCTCTG
CTGACTGTGTGTAACTTCCACACCATTGTGAAGTTGAAAAATTCTAAGTCAAATCATC
gtaagttaggagctgtctgtatacaatcttgaagatccttttatatttttctgtttgttt
catttcaatgccaaaggattcaaagcaacatctttacacttattagctataaaaacaaag
ctttaaagataggaaacaacgttgtatgggtaaattgcttttttgataagtttacatggt

Exon  7 +      39963      40119   1   Internal    157    82        Good
aaatcattctactataaagacacatgcacacgtatgtttattgcggcactgttcacaata
gcaaagacttggaaccagcccaaatgcctatcaatgatagactgggtaaagaaaatgtgg
catatatacaccatggaatactatgcagccataaaaaaggatgagttcatgtccttgcag
GGACGTGGATGAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTAACACAAGAACGGAAAACCA
TTCTCACTCTGTATGTTCTCACTCATAAGTGGGAGTTGAACAATGAGAACACATGGACAC
AAGGAGGGGAACATCACACACCAGGGTCTATTGGGGG
gtaggggctaggggagggatagcattaggagaaatacctaatgtagatggtgggttgatg
ggtgcagcaaaccaccatggcacatgtatacttatgtgacaaacctgcatgttctctgca
catgtatcccagaacttaaagtataataaaaataaataagagttgcattgctagatatca

Exon  8 +      42691      42730   1   Internal     40    73        Good
ttcactttttatagccatttagtgttttgtctttatgacattatcattttgacagttttg
tatttttcttccaaaaaattttcctcatactctgttggatctcaattcttctgcaatttg
ctcttaggaaacccatggtaaacaggagaatataaatacctttttttttttttgctttag
TTTGCAAATGCATGCAAGTGAAAGGTGAACCCAGTGAAAG
gtgagcacagtgaatagacattgggataatgacaccactatgtttgccccttactcatca
agctcattctctagtgtaatagagccctccatgaaaaacagtcatatggtagatcaggga
ggagaaaatgatcaccgctggtcttgtgcttagatttctcacaaacctaataacgactaa

Exon  9 +      47102      47252   2   Internal    151   100   Excellent
catatagcatattctgtacagttcaggtacaggaaaaaaggttactgccacctgtgaaac
aaatgtgaaaggctctgtctgcacatctatgaatcctcccaaaaggcatccttattgtac
accttcaacaaagattacaaaatatattttataatatatctttacagatattgacaatag
TGGGTATGTCAGTGACTATGAACTTCAAGACCTGTTTAAGGAAGCAAGCCTTCCTCTGCC
TGGCTACAAGGTGCGCGAGATTGTGGAGAAAATTCTATCAGTTGCTGACAGCAACAAAGA
TGGCAAAATCAGTTTTGAAGAGTTTGTGTCA
gtaagtaatctaatcctttcgggctactgataatcttgcttagagcagaattgtagtaat
gtcatcactagctttggttaaatccagcttcagagaccagaaaaaggactgctttaaaat
gatgatgatgatgatgacaataactattattatcgaaataatttccacaactaattcata

Exon 10 +      48692      48821   0   Internal    130    96   Excellent
tatttgtctattttgtgttattggtaaaatgatgaaagttatctgtgtatacaagcaata
agtacaactgactagtatttaatttggtgtcatttcaaataaagaagtgtaaataaatat
ccattttgtcaggtttttattgattatctgattctcaattttacttatgttccattccag
CTAATGCAAGAATTAAAAAGCAAAGATATCAGCAAAACATTCCGAAAAATAATTAACAAG
AGGGAAGGGATTACTGCTATTGGAGGAACTTCAACTATTTCCAGTGAGGGCACACAGCAT
TCTTATTCAG
gtaactgacttctccaaatttgatcttttagtcactgattcattgattaagtgacatatt
taatcagttctaagatgccactcattgtgattcataccgttattttatgtgccactgagg
agaaaaaaatactgcagaccacagtataacatgccattgaatttgaaatacatctcagtt

Exon 11 +      53856      53988   1   Internal    133    96   Excellent
agccacctttcttcttttcttgaacccttttgtgttttagtagatttgtaataatggtca
attattatctttgagcagaaattaacaagtatgtttttgtagtgcaatagctatgtatgt
ttttatagtgcaataaagtttgtgaaatgagatttgcctaccaaggttttctcctttcag
AGGAAGAAAAAGTGGCTTTTGTTAACTGGATAAACAAAGCCCTGGAGAATGACCCTGACT
GTAAGCATCTTATACCCATGAATCCCAATGATGATAGTCTTTTCAAGTCACTTGCAGATG
GCATCCTTCTTTG
gtgagttgaacttctggttaaggaagctgcgttcttgctgattacattgatgagcattcc
atgaaaactccaattcagctgtccattgtcttttggagtcagtagctacttaggtcatga
ggaatttatattgcatagaaaatgaactactgtatatctattggaaaatttccaaaattt

Exon 12 +      55731      55812   2   Internal     82   100   Excellent
tgggctcagcctcccaagtagctgagattatatgcatgtgccaccatgcctggcttactg
tttaatattttaaagtaatgaattgttattttcaaaatttatctattttggctgtttgca
ataataaactaaaaaaatttcttggagtattaaactaaattattctcattttctctttag
CAAAATGATCAACTTATCTGAACCAGATACAATTGATGAAAGAGCCATCAATAAGAAAAA
GCTCACGCCATTCACTATTTCT
gtaagtatttgccctttgcttattatcatgttactatgctgagaaatataagacctttat
taatgaatgcttggacccagataaaacctttgatttaattgtaatgctattctcctataa
aaacttttttttttggaatccttttttttatttttattttattttattattattatactt

Exon 13 +      57031      57065   2   Internal     35    68    Marginal
cattgtaggttctggatattagccctttgtcagacgagtaggttgcgaaaattttctccc
attttgtaggttgccttttcactctgatggtagtttcttttgctgtgcagaagctcttta
gtttaattagatcccatttgtcaattttgtcttttgttgccattgcttttggtgttttag
ACATGAAGTCCTTGCCCATGCCTATGTCCTGAATG
gtaatgcctaggttttcttctagggtttttatggttttaggtctaacgtttaagtcttta
atccatcttgaattaatttttgtataaggtgtaaggaagggatccagtttcagctttcta
catatggctagccagttttcccagcactatttattaaatagggaatcctttccccattgc

Exon 14 +      60242      60413   2   Terminal    172    54    Marginal
gaagacagagagtaaagtcatgccagtgaagacaagaggatagcacacaaggtcatatta
atgtaggcagtaagatgtggttttgtttgtcattgtccaggctgagagtagtggtaggtt
ttggttcttactagtattgcaatcaatttagcgaaattacacacttcttttggcccacag
TACCATGCTGTCAACTGCATATGACATGGGTTATTGTGAGGTTAATACTATTATTGGCTT
AATTTTCAGTCCAGTTCTTTCCCCTGCTGATGCATTCTGGGGAATCACAACTGGAGCAAA
CATCATTTATGCTCTTGGAAGCAAAGAGAAAAATATTAGTGGTCATGCCTAA
atcagcagaagctgtctcttgaaagttgcatagatttgatttaaggtaacttaaaaaaca
tttgaagcaggagtgttaattaaaaacacctgaagttattaaaaatcttagatttccaca
aagtatttgtaatttgctgttaattttttcatgtttatgtttatttgtagttaattatga

Exon 15 +      61705      61870   0   Internal    166   100   Excellent
ggcatataaagtaacagttaaaaccatgtgtttttttttttgagtagtggtattttcgtt
gtataaatattatgtttataaatctgaaatttggcagtccattgtttcttatagataatt
tttatagataagaccttagaaaggacttcctcatgtgtacttttttttttggcaattcag
GAAAATTTAAACCTAGCTCTGAATTCTGCCTCAGCCATTGGTTGTACAGTGGTCAACATT
GGTGCATCAGATCTCAAAGAAGGAAAACCTCACTTGGTCTTGGGACTTCTCTGGCAGATC
ATCAAAGTTGGCCTTTTTGCTGATATTGAGATTTCCAGGAATGAAG
gtaagatcattagaaatatttgctgttcattgacatgtacttgctatgggaagaatttac
atttcgctgttttgccctcagctctgattgcattgttaaatgaaggtgaggaactagagg
agctgatgaagctttctcccgaggaattactgctgcgatgggtgaactaccatctgacca

Exon 16 +      61952      62106   1   Terminal    155    72        Good
cagatctcaaagaaggaaaacctcacttggtcttgggacttctctggcagatcatcaaag
ttggcctttttgctgatattgagatttccaggaatgaaggtaagatcattagaaatattt
gctgttcattgacatgtacttgctatgggaagaatttacatttcgctgttttgccctcag
CTCTGATTGCATTGTTAAATGAAGGTGAGGAACTAGAGGAGCTGATGAAGCTTTCTCCCG
AGGAATTACTGCTGCGATGGGTGAACTACCATCTGACCAATGCAGGATGGCATACCATCA
GCAACTTCAGCCAAGACATTAAGGTTTATATTTAA
atgttcaaatttgtgacatgaaataaggatgtgcagtgtaaaaataaaaggggttcagac
ttaaatttgaattaaattcacaagaacacttgggatagaaaatgaaaatttgcattactg
tgtgaagtagatcccccaattatattcacaaaatatatattttctaaaaaccagatatat

Exon 17 +      67317      67516   0   Internal    200   100   Excellent
ataaataaataaataaataaaggaatgggtaagttgacttggaattactacacattttga
tcttattttgagttattatttgatatatttgtggaaaagtaattgcttataaacatgtat
accaataaaaattatgccaattaaaacttcaattgtaaccatttttgttttattgtttag
GAGACAAATGACCTGAAGCGTGCTGGACTCATGCTTCAAGAAGCAGATAAACTGGGCTGC
AAACAGTTTGTTACTCCTGCAGATGTGGTTTCAGGCAATCCTAAACTTAATTTAGCTTTT
GTAGCTAATTTGTTTAACACATACCCGTGCCTGCACAAGCCGAATAATAATGACATCGAT
ATGAATTTACTGGAAGGTGC
gttctttctgcctttaattgacttgctatatttatcttcttatggtattgtcttacttca
ctgtcagagataggggattgtggtgggaaatgcaatttagtgtgtgtaggtatgtgtatc
tattgaaaaattaaaattatggaaggtggttgctggttttggttaaaagagaatgctggg

Exon 18 +      75652      75766   2   Internal    115   100   Excellent
taaacattttggacagattcttagactggaagttctgggtcaaatgatatgtcctgtcat
tctttaagaattaaatgacttatgttcttaaagatataagtctatctccagtgtacttaa
taaaattaggtaatacccaacatttcctcctcctttatctgcttttccttcctgcttcag
TGACCTTGCAGATGCTTTAGTGATCTTTCAGCTCTATGAGATGATCCGAGTGCCAGTCAA
CTGGAGCCATGTCAACAAACCTCCTTATCCTGCCCTTGGAGGGAACATGAAGAAG
gtgaatgaaataatggccatggatatattgttattgttctgatatgaaacaaagaattta
gagtttcatgaagttatacgtgctctgtccccacaattctgattcagaccaaaatgtgtt
aagcttaatagcctttttacaagtttgctttaataaatttgaagatgaaggcaatccctc

Exon 19 +      81567      81700   0   Internal    134   100   Excellent
tcttcaactataaaatggaaataattatgtccttgctttccctgggttattattatgaaa
ttggtcatataaatttaaggtgtcatcataattgtttttcagatggctgaactaggctgg
cctattctggagatatgtttttaaaaatctttttatacccaaacttttacttatttatag
ATTGAAAACTGTAACTATGCAGTGGAACTTGGGAAGAACAAGGCCAAATTCTCCTTGGTT
GGCATTGCTGGGCAGGACCTAAATGAAGGGAATTCAACACTTACCCTGGCATTGGTATGG
CAGCTGATGAGAAG
gtaaaggctgatatgttggtagcaacactgcctgtttcctccaacaagtaatctgaacca
aatttttagctatttttgaacaataatgaacacagaagaaatatacaatgcaaaatattt
taatttttaaaggatttactgttgattatggtttttttgtaaattatattttatttaaaa

Exon 20 +      82162      82285   2   Internal    124   100   Excellent
tgtttctgattaatgaggtttgtaactttggaatgtaactgggtgcaaatgccagactaa
aattagaaatatttattagaactgaactatttcttaagtatttatctaaacattgatata
aattatgtgaaagcaaatttcacccttttcagtctcaaatatacatcttttctgttgcag
GTACACATTGAATGTGTTATCGGATCTTGGAGAGGGTGAAAAAGTAAATGATGAAATTAT
AATTAAATGGGTCAATCAGACTCTTAAAAGTGCAAACAAAAAGACTTCTATTTCCAGCTT
CAAG
gtaatcaagagtcctaaaaaaaatttttttttgtaggtataggaaggaattttttttttt
tttttttttttttttttttggagatggagtctcgctctgtcacccaggctggtgtgcagt
ggcgcgatcttggctcactgcaagctctgcctcccaggttcacaccattctcctgcctca

Exon 21 +      84530      84601   0    Initial     72    67    Marginal
gacaatgcaaaagaatccaaggcagtactcaaggtgtgatgtaataagggggctggggct
gggaatggaaatggtaagattagaaagctataagttattgcaaaagaagaactaggattt
ggcttcctgatctggggaagaagaagggagggaggagccaaaactcttcatgttttgggc
ATGGGTAACCGGAAAACAGATAACACTAATAGAAATGAGGATGTCATGAGGTACAGCTAC
TTCCTGGAAAAG
gtgatgagttcagttttaagcttgaatttgaggtaattttaggaaaatgggggtggtgaa
aggagatactaaaactggaaagacagacttggtgatcagttgaataaaagggttgagaaa
tgggagtgcataaaccttttaagggagagcaaccctagagaacagccgacctgagagttt

Exon 22 +      86985      87157   1   Terminal    173    55    Marginal
taaaatgcattctagaatgaaatattgtttttagaaagtataatacagtacacatttaga
gtcatctagaaagcttattaaaaatgtagattcccagcctcattcatagataacctgaca
ttagtttgagtggggctagatttgcacttttaacaaataccccacatgattttcatgtag
GTGGTCTGCAGACTGATTTCTCAGAAACAGAAAAGATACAAAAAGCAGATCCAGATTACC
AGCATCAGATAGACTTAAAGGACCTAATTATTTTTACCCTCTCTCTCTTACCCCTGCCCA
GAGATCTGTATCATAAAATGAACATTACCCCTGGCCAAAGATCTGTATCATAA
aatgaacattcctgcccaaaaatctgtatcataacatgaacataagaatataaatttttc
taaaattaataaatgaggccgggcacagtggctcaggcctgtaatcccaccacggtggga
ggccgaggcgggtggatcacgaggtcaggagatcacaaccatcctggctaacacggcgaa

Exon 23 +      89200      89328   0   Terminal    129   100   Excellent
ttcaaggaaaagtatattttaaagggtttatttatgtgtgctggttgcagaaaagctgaa
cgttaggttaagtacaaagaatttgtagattgccttcagttatatgatcagaagagtctg
aaaataatgaaaattaaaggtcagatgtttatgaatgttcatctatgctttattttctag
GATAAATCTATAAGCACAAGTTTACCTGTCCTAGATTTAATAGATGCCATTGCACCAAAT
GCAGTTCGTCAAGAAATGATCAGGAGAGAAAACTTATCTGATGAGGACAAGCTGAACAAT
GCTAAGTAA
gcctttatggtttatattacaatacatggccctttaattctctaaaatccttataggaaa
agttactatgcccttaaaattcatatttttaaatataacttatatgtgagtcttagattt
aagactcacaaacttaaccttttcgtaaaactaatcttgtcaaaatatttcactcttttg

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