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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (110312 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (23 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       1369       1459   0    Initial     91    74        Good
cctcccgcgcgcctcccggaagtggccggtccagagctgtggggtggcctccgcgcggtc
tctggcggagtcggggaatcggatcaaggcgagaggatccggcagggaaggagcttcggg
gccgggggttgggccgcacatttacgtgcgcgaagcggagtggaccgggagctggtgacg
ATGGCGGGGCCGCAGCCCCTGGCGCTGCAACTGGAACAGTTGTTGAACCCGCGACCAAGC
GAGGCGGACCCTGAAGCGGACCCCGAGGAAG
gtgaggccggactggggcaggccacgtgcggagcggtgggccaggccctgtggggcaagg
gggcggcgtgggaggggcgtgcgcgaggccgccgggcctgcgctccttcgcttggcgcag
aggaacgtcgcctcccgcgagggtggtcccggcctcgggaggagggcttcggcttctttt

Exon  2 +       2470       2648   2   Internal    179    80        Good
cagtaagacagtgttctactttgggagagagtgaatttcctattcctggaagttggtggg
gatttcgtaaaggacgttcaactatgagataaatgggtcgaccagggttcccgttaaagt
ttctgctaacctggagattctgtttacttttccctctcccccgacagccactgctgccag
GGTGATTGACAGGTTTGATGAAGGGGAAGATGGGGAAGGTGATTTCCTAGTAGTGGGTAG
CATTAGAAAACTGGCATCAGCCTCCCTCTTGGACACGGACAAAAGGTATTGCGGCAAAAC
CACCTCTAGAAAAGCATGGAATGAAGACCATTGGGAGCAGACTCTGCCAGGATCGTCTG
gtgagtagacatttttgaatggaactcttctcttccctaattttttcagggttaaaatcc
tccggtcatcccccatgatctttgcaagagtagtctgcggatcttttttttgagacagag
tttggctcttgttgcccaggctggagtgtgatggcgccatctcggctcaccgcaacctcc

Exon  3 +       5129       5608   1   Internal    480   100   Excellent
tctttgcttctcccttagcattttggagattgtagatgtgtaataaatatattgttgaat
tgagtgcagtaagagattttccccctgatgccacagtgcttaagttgaaatgaagtctat
ggcttggtattttctccaggtaatacccatttttctctttcttccctctcttctttgtag
ATGAGGAAATATCTGATGAGGAAGGGTCTGGAGATGAAGATTCAGAGGGACTGGGTCTGG
AGGAATATGATGAGGACGACCTGGGTGCTGCTGAGGAACAGGAGTGTGGTGATCACAGGG
AGAGCAAGAAGAGCAGAAGCCACTCTGCAAAAACACCGGGCTTCAGTGTCCAGAGTATCA
GTGACTTTGAGAAATTTACCAAGGGAATGGATGACCTTGGGAGCAGTGAGGAGGAGGAAG
ACGAAGAGAGTGGCATGGAAGAAGGGGATGACGCGGAAGACTCCCAAGGCGAGAGTGAGG
AAGACAGGGCTGGAGATAGAAACAGTGAGGATGATGGTGTGGTGATGACCTTCTCTAGTG
TCAAAGTTTCTGAGGAAGTGGAGAAAGGAAGAGCCGTGAAGAACCAGATAGGTTTGTACA
TGGTTTTGCTGATTGCCTGTTTTTCAAAGTATCTGCATTTGGTCTACTTTTCATTTGTTT

gtttttggctattctctatctcctgtgtcctttcaattagtttgtgacatgccccactta
cccagaagcctaaagccctattcctgtatgcttagccagccatttctgcactgatctgct
tagctggttctgctctagtacttcctgcaactggggaagattgaagagaagagtgttttc

Exon  4 +       8447       8502   1   Internal     56    73        Good
caaaatgctgggattacaggtgtgagccaccatactcaactcatttagtgtctttaatca
ctgcagtgttatttaacttttattttgttctgatctttttactcttttttgtacttaacc
aattgcctttacctcattgatgaacctcaattaatctgacagcatctattaatctgacag
GGTGGGTTGTGGTGGAGGAGGGAGAAGAAAGGAAGTTTGGTATCACATATTCTAAG
gtgggagggtagggagttttcaagtaatgagctgtgcatttgaagagtagctaatttttc
ttgtggcaatatgacataatatgttgtatactcccctgtcttgataaacagactttaaga
aaaaaattcttggccgggtgcagtggctcacgcctgtaatgccagcactttgggaggccg

Exon  5 +      16437      16542   1   Internal    106    99   Excellent
ttttaaaaattaattttaaaaaagaaacaaaaaaagagaatggggaaaatgaaatagtaa
agtataggcaactctttgaagggttgttgctttaaaggggagcagagaaatggggcattg
gatggtgaaggatgtggtcaaaagaggggtgttttgcttttttttttttttttttttaag
GTGAAGTATCAGCGTGTTTGCATGTTGATAGGAGTGACCCAGCAGAGAGGGGGAAATTGA
TGATGCAGGAGAGGGGGACATCTGTTGTCACAGTGTCCTATAGTGG
gtgagtggggatggagtggagatgggccagtgcacaggagtgccttagatagcaatgtgg
accatctcatggtggcgggtgcctgtaatcctagctactcaggaggctgaggtaggaaaa
tcacctgaacccagaaggtggaggttgcggtgggccaagattgcgccaccgcactccagc

Exon  6 +      36683      36739   0    Initial     57    66    Marginal
taaatgggcaattattagtgacagtaagaatggaaaacacagaattcagcaaccagttaa
acatctagaataagagcacccaaatgtgagtgatctatgaaaacacattgaacaatgcag
agaggttcagacagggagaggtattaagcaggaagaaaaaagttctgtttctgacacagt
ATGTGTGAAGGAGTGATGGAACAACCACATGAAGATTTTCTGGCAGTCACTGGAAAT
gtgagagtttgattataggagaggtgtctgagtactttcaacacataaatggtgactctc
agtgtctagttagccccttgagtagggttattctaatagagaaggtaagaattctgttgt
cagaggaccagttttgttttttgcggggagattttggagacagcgtctcgctctgttgcc

Exon  7 +      38421      38464   1   Terminal     44    86        Good
aatagaaagtgattcattagcttgggttttcgtatgtgaacaggaacttttccataagga
tatgtgttgagagatggagtgaaggatgtggcagctcaaaccagaggcacatgagatctc
ctgggggcaaggtggaaggtgttggtggtggggatgcctagacaaagtcctactctttag
GAGAAGAGAAGGAAGTGCTCAAGGAGCTGACTGATAAGGAATAG
tccaggaggtcagcaggtaacctgtaggaagatacctaagaaacttaacaccaacggaac
aaattaatggttataatgagaggccggggaggagtttgtcaagcttaatacatttaagag
ctgacaatgtattggactcttactctttgcagacacttttctaagcaccttacatgcatg

Exon  8 +      38859      38973   1   Internal    115    99   Excellent
aggcaacgttgttatttccatttgggaatatttcagagagtatttagttcctgtgtgtat
cctgtgcctccccttcactccccacagccagaactgctcaggagtcatgagttataggca
tcacctactttggagaattgtagataattaattgtcctttctctgtcctttatttcccag
GTCACAAGGCACTTAAAGCATTGTTGAGGTCATTGGTAGGTCTTCAGGAAGAGTTGCTTT
TCCAGTACCCAGACACTAGATATCTAGTAGATGGGACAAAGCCCAATGCGGGAAG
gtaagagaacagaatcatggagttgcttattttcttttcatttggatagtttcccatcat
ttatgaaagaaaagctaagttctcttcaggcagatattaatgttagtaaaatagagtctc
atatttacctgatggtcaggatggcacataagttggtgattagattttagatttttatat

Exon  9 +      40761      40968   2   Internal    208   100   Excellent
gattgatctcatgaatattcttctcaaagagcaaaagccatccttatatctttggtgtta
ttttgaatggagacagaacaggtaaggcctaaatattctcagtcctttatgtgagcctag
tttttaaaatctaagtaatgtttgtttacactggacataatattcttactgcttttctag
TGAGGAGATTTCTAGTGAAGATGATGAGCTGGTAGAAGAGAAGAAGCAGCAACGAAGAAG
GGTCCCTGCAAAGAGGAAGCTGGAGATGGAGGACTATCCCAGCTTCATGGCAAAGCGCTT
TGCCGACTTTACAGTCTACAGGAACCGCACACTTCAGAAATGGCACGATAAGACCAAACT
GGCTTCTGGAAAACTGGGGAAGGCAAGT
gtgtgtatgcgcgcatgtatgtgtaagataggttgtggcaacttgaagaagttttaagaa
attggaactacagctcatttatatggatgttgtcacgatgtaatggtaatcattcatttc
tatagcaaaatctactgaacttctggcactggggtttatacgattcagacttgggatttt

Exon 10 +      41489      41653   0   Internal    165   100   Excellent
actaactttttttttttaagaacaattatagccactcacaaactcagtcctttacagaaa
gtccctcctgaaaagatgattttctatctctctgctgacacagaaagatagagaaaccaa
tgtagcttgccttcagcactgattttctgcattatctgacactgcttaatgttgttgcag
GGTTTTGGTGCCTTTGAACGCTCAATCTTGACTCAGATCGACCATATTCTGATGGACAAA
GAGAGATTACTTCGAAGGACACAGACCAAGCGCTCTGTCTATCGAGTTCTTGGCAAACCT
GAGCCAGCAGCTCAGCCTGTCCCAGAGAGTTTGCCAGGGGAACCG
gtaagaactctgtaatgcagagtgattatggggaatagtttctatgaggcttattagctg
aaaaacttgtagctattacctgtttatataagaggttagtgagagaaaggaaagcaacac
tactttactggattactgagagaaacttgagtgtatgtgagaggagagagtttttaaaaa

Exon 11 +      43016      43147   0   Terminal    132   100   Excellent
caactgcctgttaatgtttttgcctgttttcatattggactgttttgttttttaatttta
agaactttttatatcttaaggaaaacagtgctttgactgttctacatattatttatagta
gctacattagttagatagccttgttgggattcactcttttcttactcattgttaacatag
GAGATCCTTCCTCAAGCCCCTGCTAATGCTCATCTGAAGGACTTGGATGAAGAAATCTTT
GATGATGATGACTTTTACCACCAGGTGAGACTTTTACACTCTCTTGTTACAAATCATGTT
TTAGCATTTTAA
agcagcttatagaattctctgaacaaagaagttgcttattttggaaggatagagtcagac
agtgagttagaactcccgcgttcaaaattgacttacagtgtcattgtggatttgttgctt
ttcttctattttatgttttccttttgaaatgaaaacagctatagctactttgttgttgct

Exon 12 +      49661      49819   0     Single    159    49    Marginal
acatatcggaaaaatgatttagcaaagaaaggggaagtttataggcatcttcaaatatgt
atatgtattgtgagaaaatcttcacactctatacatctgacaaaggactgatatccagca
tctactgcaaactcaaatcagtaagaaaaaaacaatcccatcaaaaagtgggctaaggac
ATGAATAGAAAATTCTCCAAAGAAGATATACAAATGGCCAACAAACATGAAAACATACTC
AGCATCGCTAATGATCAGGGAAATGCAAATCGAAAGCACAATGCGATACCACCTTACTCC
TGCAAGAATGGCCATAATAAAAAAATCAAAAAACAGTAG
atgctggtgtggatgtagtgaacagggaacacttccatactgctgatgggaatgttaact
agtacagccactgtggaaaacagtgtggagattccttaaagaactaaaaatagaactacc
atttgatccagcaatctcactactgggtatctacccagaggaaaagaagtcattatttga

Exon 13 +      55472      55576   0     Single    105    57    Marginal
ccacaaagctccaataatcaagacattgtggtgctggcataaggctaggcatatagatca
atggaatataattgagagtccggaagttaacctttacatttatagttcattgattttcaa
caggagtaccaagacgattcagtgggcagaagaacagttttttgttttgttttttaacaa
ATGGTGTTGGAGCAACTGGATATCCACATGCAAAAGAATGAAGATGGAGCCTTCCCTCAC
ACCTACACAAAAGTTAACTATAGTGAATCACAGACCCAAACATAA
gagctgaaactattaaacttttagaaaaaaaacaggagtaaatcttcatgctgcaggtag
attaagtaagatgagggctgagagagaattgatcttggtttagcaatgtggaagtcattg
gtgaccttgacaagaactttttttttttttttttttttttttgagacagggtctcatgtc

Exon 14 +      60556      60639   0    Initial     84    52    Marginal
tttagctgtggaagatgatttattttaacctaaatggggtttagggactatctatgagca
tgatctgatgttccacagtatttctgtttattgaatacttacgttttgctgagtgcttta
cttttatcatctttttaagtcccaaaacaactttgtgaggtataattaccactttataag
ATGAGGAAACTGAATCTCAGGGAGCTCAAGGAACTTGTCTTAAACTACACAGGTAGTAAA
GGGCAGAGCTGGAATTCAAGACAG
gtaagtcagactctttggcagatagttacacttagattgaactgtgcagtacacacttca
cataagtgaaaattcatacctagaagcattagctcttagagagtgggagatggaaacctg
taactggtatttgacaagcctatttcatagataaaagatatttaaatagaaaatcctgta

Exon 15 +      62741      62902   0    Initial    162    68    Marginal
gtggtggtgggtgcctgtagtcccagctacttgagaggctgaggcaggagaatggcgtga
acccagaaggcggagcttgcagtgagccaagatcgtgccactgcactccagcctgggcga
cagagcgagactccatctcaaaaaaattattattattattattttcccctctgtgtatat
ATGGAGCTCCTTCAAGGGGCCCCTGAAGGGGATGGAGTGGTGATTGTGTTCAGATGGAGT
CTCTGCTCTCACACAGCATACAGTCAGCAAGGGGAGGAGGTAGACGTTATCAAGGAGTCC
ATGAGTACAGTGTACAGTAAGAACAGCAAAGGTATGGTGCAT
gtgtgtgagtgcagctgtggttaagaaaggtttccctcaggaagagaagatgaagtggag
atttaacaaatgagtagaggaggaggcgtgggaggtcagtggctagggaagcctgttccc
gcagtgcatatgcagaagcagcctctggtgtgagggcccacggagcatttcacgtacaga

Exon 16 +      71247      71314   0   Internal     68    98   Excellent
aagatatataactatgaaagcgttaacgggaattcagtaatgctcttgccactgggttgt
cccttattgattgtagttttagagctgtcactatgccattcagaattccttctctgccct
tttaaagtcagttgtactggaagatgataaataaattcgttgctttcctttttcccctag
CTCCTTCGAGAACTCATAGAACGGAAGACCAGCTCCTTGGATCCCAACGATCAGGTGGCC
ATGGGAAG
gtaatttagatacagctttctgttcatgcaagcagcctatgtaatagtttctccccttga
gtccctttaattctacctgcaaagcaatgattggtcctataattattgaagttaagcaag
taagagctagaaagaaaatgtgactaattgtttaccctacattgcctaaagtgcaatttg

Exon 17 +      73176      73256   2   Internal     81   100   Excellent
tttttaccattgcacaaatcctgttcaattgattagtcagtttggccccaaactagcttg
aggaacttgatgtaggttgatgatttctttctgcagggttgttagaataattccaatttg
tcaatatgtataactatttctgttagtgatgatgcataacattgcttgtgaattttccag
GCAGTGGCTTGCAATCCAGAAGTTACGAAGCAAAATCCACAAAAAAGTAGATAGGAAAGC
CAGCAAAGGCAGGAAACTTCG
gtgagttacttttcggaaaaaatgtcaacatatattgtatatgtatctcgtctcttacat
tctggctgttatgtcatttttctttttcttctgatgattctgtttttaaggatcagaaaa
ataaacaatatttgaaggtttattgcaactcagtttttcttattctaaaatggaaatata

Exon 18 +      76471      76575   0    Initial    105    62    Marginal
caatatagacacaatcatttatgtcttaagtatttttgatccatggttgattaaatctgt
ggatgctgaacccacagcatcagagagccaactagtctggagaggatggcagaccctagc
cgactgaggtgctgtgtgggaggtgtagcagtagaaataatcctgctccacccttgaggg
ATGCAGACTGCTCAGGAAGACTTGCACAAGACGACTTCCTCACTGAGCCTTGAGAGATTA
GTAGGCGTTTGCCCAGTGAAAGACAAAGAGAATGTGTACAAAAAG
gtttgtaagcttgagagagtctgggacccattttgggaactgtaattaatttgttttggc
agagacttttgtagcaaactggaatttgaactaattggtctgattccagagcctgttctt
ttaacctctggctgttgagttgtttcactggccaactggcctataccagcaccaaaagtg

Exon 19 +      83854      83925   2   Internal     72    71        Good
ggatgactgtagttggtcatcccaatgacagtggtaagtgcctatgaatttttccctatc
ccactttgtacccagatgttccagtgatcagttctggagtttgttaactcactgaatgtg
tttcctctcctaggttaatagttactaatgttgctgcctgttgcttcctgctttatttag
GTTTCATGTCCTTAGCAAGCTACTGAGTTTCATGGCACCTATTGACCATACTACAATGAA
TGATGATGCCAG
gtgagtaatagattaattatgtgtctcaaatggcttcatgacagcctgatattgacctgc
tctacagccttcgccctctccatttcttcttatcagttaaccatttgtcattggcatcgc
agtaagggtcacatctcttcaccctcataattactataaaaccaaaccaaaaacttgcat

Exon 20 +      97131      97246   0    Initial    116    51    Marginal
ggatttggaaatatttgtattatccccgttgagcatgcctaatctgaaaatctgaaatct
gaagtgctccagtgagcattttcttacagcatagttcgtgtcggtgctcaaaaagtttta
gatttcggagcatttcagatttcagatacttgagttagagatactcaccatgcagttact
ATGGAGCATGAAGAACCCCAGCAGGGCTCTGTAGTGATTTATAGCTTTCGGTCAGTGTTC
TGGACTCTGCTTTCAGGATTTTTCTTTAAGAAGAAAACAGTTCTGGAATGGATTCT
gtaagtgcattaacaaagcataaaggcctggctgctttgttatttttagtgttggtatta
agtgtcaagctaagaaaggatatttagatcgaggaccttacctcgttagacttggagttc
aagttgctggcagcacctggtcatgggaagctctcaccagccaccctcagaaatgaggtc

Exon 21 +     104257     104352   0   Internal     96    92   Excellent
tcactaagggttataaaaccttactgcactagagataggtaattatcccctctacagctt
aatgacagtttaaaagaaataaaaatgttagtgctcattacttgcttttgtagtttgcaa
taaagggtaagttaaattttaattcaaggaagagcccctgctatcgaccttctacctcag
GTCCAAGTCCTGTTAATTACTCCGCAGGCTGCTCCCCTGCATGATACCAGCATGAACGCA
TTGTCTACAGTGGACACTCCCACTGACCATGAGTGT
gtgtgtgctggggggtgggggtattacagatcagtgatttgcatcttgattcttaatgtg
atggggagcaggaattatgtgtttttttaaaaagttgattatgcatagccttaaggggac
ctcaggtatgaaactacacacttaccctggagaatctgatggaacaaggttaacctggag

Exon 22 +     105684     105711   0   Internal     28    94   Excellent
tactaaattttcactaaaattaggatatattatatcatattattatatattgattatatc
ctaataataatccagaggaacatttttaaactacttagagccttataatgtcaaacaatt
aaaatattttcatttcaattttttgaattttaaaaatttcaaaagtgcttttatttacag
ACTAATGTGGCCAAGAAGTATGATAAGG
gtgattgataaaagacattcaagcatgaaaccattatattaggacaaaactctgtaggga
aaagtcaggtggaaataaaatttaaaaagaaaaaggtgctataaaatgtccaagttaaaa
agtttatgtgtggcccacgcctgtaatcccagcactttgggaggccaagacgggcagatc

Exon 23 +     108844     108980   1   Terminal    137    78        Good
tttgattgggtttcttccttctgttgtatttgtgagtaagagctgtggggtgcattttta
attacatggctgtgttttcaacagaagaaacagaatggggtattttccagcttctgcgtt
cctttttaaccttgaatagtgaaccagtgtgttaaccagtttgctgtgtttgtcttttag
GACAGAACTGTACCGCTCTCTTTTTGGCCAGCTCCACCCTCCCGACGAAGGCCACGGGGA
TTGACATCGCCCACCTCCGACACCCAGTGGGCGCCTTGGCTGGTGCGGCTGCTGGTCCAG
ATGGAGGAAACCAGTGA
ctttatggggctgagctagtagggaagcccctggaaagatgctgcgttccgaacctgtgc
ctaatacacgcaagggcgctgtcccgcccaaccccgcctttaaacgccacaaataaagag
cattgttaccgccaccaccgcttgtgatttcttaagaggctgagagtcagtctggtttgg

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