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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (77771 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (24 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +      14157      14290   0   Internal    134    64    Marginal
atattcttttatatgttataaagcatgatactaaaatgatcacctgtgcacatactaccc
aatttgagaactagaaccttgctgtacccctgaagctccttatatgtatctccctgatta
caactctccctctcccaagaaatataatgttgcgtttaacattttctgctttctttatag
TTTTACCTCATTTATATCTTTAAGCAATATATTGTTCAATTCAATTTGATTTTTAAACTT
TATATAGAGTATCGTATTACACATATTCTTGGTTTTTCATTCAACATTGCGGGGGATGGG
CAGAAGATGATGAG
gtgagaaggcgggcagggtatgttttctggttaaactatttattcttggagaatcagaga
ccatatcttatatacccctttaataacctctgtttaacacgaggcctactgttgcaagct
aagtctcctgatgatttgcactgacattgaaacattgctgttgtctctataagtatgagg

Exon  2 +      15872      15975   0    Initial    104    69    Marginal
atttaaaattaaccctgttagcaaaggatatggtttaggaatttttttttttaaactgct
cacttgttttattgtgaatgaggaaaattagtataattatttgtatttgtttcaggaaag
aagcacttgtaaggaaatatagcatccattgtgaaagtggaaaagtaaagataattcatc
ATGCCTGCTGTGGCTTCAGTTCCTAAAGAACTCTACCTCAGTTCTTCACTAAAAGACCTT
AATAAGAAGACAGAAGTTAAACCAGAGAAAATAAGCACTAAGAG
gtatgatgtatccttcgctagtttgattgaatcaaatattaatttttagttcgtttccat
attaaagttagatgaatgttaaagtttatttgaaaaataacaccatcacacgaataaagt
aggacctccttagagaaagttgtaatgtaatcgtagcacaatacatatatattctgctca

Exon  3 +      18159      18291   2   Internal    133    86        Good
ctcatcgtctgctgtgcgtcctggttcataacaggccgtgaaccagtaccaatctgtggc
cctggggttggggatccctgataaagattatctgtggactttgtatatgacctgtatttt
ttcccagatgtcaattgctttaattattattttttctctaattttaagttatgtgcacag
TGCCCTGAAGATCTTTAAGACAGCAGAAGAATGCAGATTAGATCGTGATGAGGAAAGGGC
CTATGTACTATATATGAAATACGTGACTGTTTATAATCTTATCAAAAAAAGACCTGATTT
CAAGCAACAGCAG
gtaccttttatttttgcattgttatttcctaagttattttgcataatggagctattgatt
tttttctaaaaattttaagtaataatgaaatgtagctcaaattatatgcagcatgatctc
atgtagatagaaaaagggaactaaagatacagtgttattatttacaaatgtgtataatgt

Exon  4 +      29364      29426   1   Internal     63    56    Marginal
tgaaattggaaagtaggagagacatcagctctatttaattagatttatggagactgtaga
acaaatccaaggtagggggtaaggtgtggataagagaagaaaataggaaaaaagagaatc
ttaaagttttttcatttctgccctcaaattggatttaggctgactgtgcttacttcttag
GGCAGACAGTTCACATACTGTTCCAGCATAGAGCACTACTAGAGAAGAAATATAGAGCAG
TAG
gtaagtgtacggagccagactccctgggtatggatcccagtttttttcttattaattgtg
tgagcttgggcaaattacttagcctccctctgcctcagtttcctcatctgtaactaggat
aatcataaaacctacctcatagtgcattaagaaaattaacatttacaaacacttagatgg

Exon  5 +      35798      35960   2   Internal    163    97   Excellent
gcaatttgaagtaaatctacagatggcctcaggtggcagatgtgtgaattgtggtggagg
gagaaagcatatagccatgaaatacctcaaggcaggatactaattttacagaactgaaac
tcctttaatttccacgattaacgccaataaaagacaatcttgacttattttttcaactag
ATATGAAGAAGCTGAAGTCCGGAAAAAACTTGAGGAAAAAGACAGGCAGGAGGAAGCACA
GCGGCTACAACAAAAAAGGCAGGAAACAGGAAGAGAGGATGGTGGCACATTGGCTAAAGG
CTCTTTGGAGAATGTTTTGGATTCCAAAGACAAAACCCAAAAG
gtatttcaaatttaatgtgtgagttaaaagactgtttctgcttgttagatgatttgctta
aaaagagttgagataccactataaagttcttttaggcaacaaggatgaaatttaatgttt
taattagaaatttatttaaggctgggcacggtggctcacgcctgtaatcccagcactttg

Exon  6 +      39078      39120   0   Internal     43    98   Excellent
gttgtctactgccaaagaaaccttttaatatcattattattcgtctgcgtttttataaaa
ggccagtactctgcacagttcgtttcttagagtttccatttaagagaagtaaatgaagta
ttaaagttgaattttttgtgtctatgaaagttgaaactttttttttttcctatgcaatag
AGCAATGGTGAAAAGAATGAAAAATGTGAGACCAAAGAGAAAG
gtaagtgtgtacagaaggaggaagttgttttaggttctgactgagatcttttaatcagaa
taagcatcaggttttatacaatgagattcttagcattgttgtctaatctctatgtaagct
ttatcatttttcctagtctgtacaattatattgaaaatgtctgaggttatttttatgtat

Exon  7 +      41874      41989   0    Initial    116    79        Good
ataaatggtatgatggagtagtaaatatgtggcatccatatatattcagtatactttgct
cttctagaaaaagcggtttgtcctgtgttttgtgatgtcagcacatcttgtgctgtttct
tgtcacttacactgtctctctcaattccaaggagcaatcacagcaaaggaactatacaca
ATGATGACGGATAAAAACATCAGCTTGATTATAATGGATGCTCGAAGAATGCAGGATTAT
CAGGATTCCTGTATTTTACATTCTCTCAGTGTTCCTGAAGAAGCCATCAGTCCAGG
gtgggttattgtgtagtaaagtagtaaactgtgtagtaagtagtaaactgtggaccttag
taaatgttactacttagcatccaagctaaatgtgataaagtagtcttttcctggtaactt
tttaaatctttgcctctttttatgtgtgtgggtggtgggggaggggagggggaggtacat

Exon  8 +      43610      43897   0     Single    288    54    Marginal
gacgctgttgaaggtagtgctgagctgtggtcagcccgctcctgctcctgctgtactgct
gttgctctcgcagaggaaccggtcggtcaggaagccgcacagcagccgtggcttttaaag
atgctggaaaaacacccatggagccggagatagcaattcactgaattcgaatcactctct
ATGAGCCACAGCATAAAATCCCTGGAGAAGGTGTGTGCTGACTTGATCAGAGGAGCAAAG
AAAAAGAATCTCAAAGTGAAAGGACCAGTTCAAATGCCTACTAAGACTTTGAGAATCGCT
ACAAGAAAAACTCCTTTTGGTGACGGTTCTAAGACATGGGATCATTTCCATATGAGAATC
CACAAACAACTCATTGACTTGCACATCCTTTCTGAGATTGTTAAGCAGATTACTTCCATC
AGTACTGAGCCAGGAGTTGAGGTGGAAGTCACCATTGGAGATGCTTAA
gtcaactattttaataaattgattactggttgttaaaaatatatatattagagtactcag
tctaattaaacatgtgaatatattcccaggatttgaacagacgaagttataattagtctt
tgggtagtctagtctgtattaatagagagctggtggtcgttattactgagtttacatgga

Exon  9 +      48431      48614   2   Terminal    184    64    Marginal
gaaggggttaaacatgttaggctgtttaatatcttaatatataacctcaccttagaaagg
aatctacttaaaatttgctatggtgtggtaaagactgtggaacaaaactgagtgtcttct
gttagtatattaggacctcttgttgacttttgccccaatttaaatattaatacatttcag
AGTCACTGCTAGTTGGATTGAAGCACACCTGCCAGATGATTCTAAAGACACATGGAAGAA
GAGGGGGAATGTGGAGTATGTGGTACTTCTTGACTGGTTTAGTTCTGCCAAAGATTTACA
GATTGGAACAACTCTCCGGAGTCTGAAAGATGCACTTTTCAAGGTTTGCAAGTTTCATTG
TTAG
tttattgtaattgcagggcatctctggttgttagaaaggcatgttaactagttgtttatc
ttaaatactaaaagattcatcatgccttttttttttttttttgagactgagtctcactct
gttgcccaagctagagtacagtggcgtgatctcagctcactgcaacctccgcgtcccagg

Exon 10 +      53647      53778   0   Internal    132    98   Excellent
taaaacctcacctatataaccatttcatttaatgttgaattttgaattcagttctcattt
tgtcattatttagaagataaattttgtccttaagggaacaactttaaaatttagatttgt
tgtgtttttagctgttgaaagattgctgccctatttaaaatatgatttccttatttatag
TGGGAAAGTAAAACTGTCCTGCGCAATGAGCCTTTGGTTTTAGAGGGAGGCTATGAAAAC
TGGCTCCTTTGTTATCCCCAGTATACAACAAATGCTAAGGTCACTCCACCCCCACGACGC
CAGAATGAAGAG
gtgtctatctcatgtatgtatgtgaaaatttttgtttaaaattgctttggtaaaatatgg
tttaaaattgttttcccggtaacattcttggttgtgtgtgtatttgtcctattagagagc
agtttgttttcaggcataaaaatataagcctggaagttcacattttctttaagactgttg

Exon 11 +      54130      54297   0   Internal    168    62    Marginal
agactgttgtaattgttttttcacttagtttacatttaattactgcattaacacgcatga
gaaatgtaagtactgtgtatggggtttgctattctaaaaaacatttttatttttggaatt
ttagtggattttacttatccctcattggaagaatcaattccttctaaacctgctgcccag
ACGCCACCTGCATCTATAGAAGTAGATGAAAATATAGAATTGATAAGTGGTCAAAATGAG
AGAATGGGACCACTGAATATATCAACTCCAGTTGAACCAGTTGCTGCTTCTAAATCTGAT
GTTTCACCCATAATTCAGCCAGTGCCTAGTATAAAGAATGTTCCACAG
gtatgttcttgattttaacattattctcgcttttgttttaatattaaatatatagtatag
ctgggcacagtgcctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgagaggggcagatc
acctgaggtcaggagtttgagaccaacctggccaacatggtgaaacccccctctctacta

Exon 12 +      55880      56053   0    Initial    174    73        Good
aaaattagccaggcgtggtggtgcgtgcctgcagtcccagctactcaggaggctgaggca
ggagaatcacatgaacccaggaagcagagttgtagtgagccgagatcaggccactgcact
ccagcctgggtgagagtgagactctgtctcaaaaaaaaataaaaataaaaataagacagc
ATGAAAGTTTGTATATACAAGAGATGGGTTCTTCTGATGTTTGGAAGGAGAGATCTGTAT
AAAATCAGCCACAGCATAAGGCAGAATATCATAATTGCTCTACAAGGCACTGGAGCACAG
AGCAAGGAGAATATTCTAGCTGAGAAGATCAAGGACGTCTTCATGGAGGAGACA
gtattttatctgggctttaagagtaggattggaggatagaagaaacaagtagaaaattct
atgaccaaaggcatagggcatgctctggggccagtgaacagttttggcatatgtgggcgc
tagtctctgttggagagaggaagttatgatagtagataagattagaaggatggacaagag

Exon 13 +      58048      58077   0   Internal     30    73        Good
ggaatcgtgaatccgttttggctgtatggggtttgagatacatgtgttgacactcaaatg
gaaatattgggtaggcatttggatacctggaagtggaacttaagtctaagtatgcccagg
tctaggttttatgttttagaataaagacatttttaactcttttgtatacaaaacactcag
GAAGAATTGAAAGTGTTGAATCAAGAGGAT
gtaagttccagtgatgtttgaatatctaccattcaagttctgttttatgagaaatcttga
cactgagtaattaacaaatagatgtgctgatagatgttgtctccacaaagtgacacttct
tttatcacaacttgatctcaagaactgaggttatttcctgatttttgacaaaaatgtttt

Exon 14 +      58279      58863   0   Internal    585    92   Excellent
atatctaccattcaagttctgttttatgagaaatcttgacactgagtaattaacaaatag
atgtgctgatagatgttgtctccacaaagtgacacttcttttatcacaacttgatctcaa
gaactgaggttatttcctgatttttgacaaaaatgttttgctctggttttgttgctctag
ATTGATCGTACTAAAAAACCAGCAGTCAAATTGCCTGAAGAGCATAGAATAAAATCTGAA
AGTACAAACCATGAGCAGCAATCTCCTCAGAGTGGAAAAGTTATTCCTGATCGTTCCACC
AAGCCAGTAGTTTTTTCTCCAACTCTCATGTTAACAGATGAAGAAAAGGCTCGTATTCAT
GCAGAAACTGCTCTTCTAATGGAAAAAAACAAACAAGAAAAAGAACTTCGGGAAAGGCAG
CAAGAGGAACAGAAAGAGAAACTGAGGAAGGAAGAACAAGAACAAAAAGCCAAAAAGAAA
CAAGAAGCTGAAGAAAATGAAATTACAGAGAAGCAACAAAAAGCAAAAGAAGAAATGGAG
AAGAAAGAAAGTGAACAGGCCAAGAAAGAAGATAAAGAAACCTCAGCAAAGAGGGGCAAA
GAAATAACAGGAGTAAAAAGACAAAGTAAAAGTGAACATGAAACTTCTGATGCCAAGAAA
TCTGTAGAAGATAGGGGGAAAAGGTGTCCAACCCCAGAAATACAGAAAAAGTCAACAGGA
GATGTGCCCCATACATCTGTGACAGGGGATTCAGGTTCAGGCAAG
gtaagcagaaacagtacaaattgccaacgaagtgaaagaaaatgtatatgaaaatgtgaa
aacaccagtggcattccataaaagggcaggcatttcaaatagtcttttcaggggtgatag
aatgtactgatctatccacatttgctcatctattctcctttgaggccagtgccatacatt

Exon 15 +      61073      61159   0   Internal     87    78        Good
agttctttagttttttaagtattttgaatgtgacagtaaaatataataaaattttcagag
gccttttttttctccttttacattttcattctcatagattcggttgtgttagctagtagc
tttatgttgggaggagaattaaagttttctttcacttctgtaattttaataattttacag
CCATTTAAGATTAAAGGACAACCAGAAAGTGGAATTCTAAGGACAGGAACTTTTAGAGAG
GATACAGACGATACCGAAAGAAATAAA
gtaagtagtttattgcaggaaaaaactggaaaaaaaagccaaacatggattataactatg
tgattatcttaccacactgctatcttttatcatgagatctacagtgtaaggggatcgttg
ccatctttggtagctggtgttttgcttgtttttgcatgatcaatccatttatatgctaaa

Exon 16 +      63235      63271   0    Initial     37    59    Marginal
tggatcgcttgagccccaggagttcaagaccagcctgggcaacatggcaaaaccctgtct
ctagaaaaaaatattaaaaaattagctgggtttggtggcgcctgcctgtagtcccagcta
gttgagaggctgaggtgggaggatcacctgatcctgggaaggtcaaggatacagtgagcc
ATGATCATGCTACTGCATTCCAGCCTGGGCAACAAGG
gtgagaccctgtctcaaacaaaaggggaaaaaatgacataaaatatattaaggctagaat
gactgactgaattcacagttttcttatttttgactgcaacagttaaagagccacagcaac
aacaaacccattgatatttatacaaaaaaagttcattaactacagaagtcaaataattta

Exon 17 +      66599      66617   2   Terminal     19    52    Marginal
ttgagaaaaagataatttttttcatctctgaatctgttttttaaaatatgaagggcagcc
aaggcaaggttttttgattctttggtacaagtagcttaagtttttatatgacaaaattta
attgaaaaatcagatttaaaaaaaatttttttttaattttttttattttattttaattag
GCTCAACGAGAACCTTTGA
caagagcacgaagtgaagaaatggggaggatcgtaccaggactgccttcaggctgggcca
aggtaaaagtcagaattagcagtaaaatagccactgtgttcctaaaaaatgttttatttg
tttattttacatcttctgtaatgcagagtcaattccatttctccattatagagaacatag

Exon 18 +      68338      68396   1   Terminal     59    83        Good
gccaggtgcagacttattcgaaggagcttttaaaaattctattaatcttgttatagattt
tagagttcattataataactagtgagatttaatttcttcttgaatcattcttaagtgtgt
taatttgataatgttttaaggactgtatgctgtttgtgtatttttttatatattgaacag
AAAAAGCACACGAGTACATGCACCTGAGTACAGGTAAAGAGGAGCTGATTGAAATATAG
tttaatctgttctcagtattacttttaggggtggaagaacgttaaggattaattaaaaaa
gaaaaaagacctatcagttaagattttccttatgcttcagcagttctagtagttccacat
ataaatcaaacacaccatattacagaagtctagaaggcattctctgccccagcactgtcc

Exon 19 +      69214      69279   0    Initial     66    51    Marginal
caaataacctctgcttcccttgatatctactccacggtatggttttttttgtttttgttt
ttatttttttattattcctcatttggcattctgggtgagttcaaacatttgataatgcca
aacttccagggatcatttaaaggagtttaaaagagccttctctactagagctcctagttc
ATGAGAAGTGAGATAATCTATCTCAAGGTGTCTCTAAGAACCATGACCCACATTAAGAGG
TTAAAG
gtatgtgtttcatgggaaggtctgagaccttagtcgtatgactaatgttaacctaaatat
taaatgtcctggaaggcccagcatcttatgagttaacatattaactgtttacaagatgcc
tgtggtacaggtgctacagtttgctgccatttatagtatagaaccttaatttcatatgct

Exon 20 +      69455      69711   0    Initial    257    88        Good
taaaggtatgtgtttcatgggaaggtctgagaccttagtcgtatgactaatgttaaccta
aatattaaatgtcctggaaggcccagcatcttatgagttaacatattaactgtttacaag
atgcctgtggtacaggtgctacagtttgctgccatttatagtatagaaccttaatttcat
ATGCTCAGCATTTTAAGACATCTTGTATCCTTTTTCTTCCTCAGGCCAACATGTTATCCT
AAAGCTGAGATCTCAAGGCTTTCTGCTTCTCAGATTCGGAACCTCAATCCTGTTTTTGGA
GGTTCTGGACCAGCTCTTACTGGACTTCGTAACTTAGGAAATACTTGTTATATGAACTCA
ATATTGCAGTGCCTATGTAACGCTCCACATTTGGCTGATTATTTCAACCGAAACTGTTAT
CAGGATGATATTAACAG
gtaaatacatgtcatactttttgcattataatgctaaaaggatgatctaaccatatttac
tgtcttagtccattagttttctgctgctataacaaaatacctaagactagataatttgta
aagaacaaaaatttattttctcttagttcttgactgggaaggccatcgtctaggtgccgg

Exon 21 +      70868      71078   2   Internal    211   100   Excellent
aagggatgtaagcaagtcagattcagatgagaatctggtggtgagcctgcaaataaataa
gtagtttaatgtagtgctacagtatgtgaataatttcatgttgacatcaagaatctactg
taccttgcttaacttttaaatttcctttattgtcttttgtaacaacttttatttgcacag
GTCAAATTTGTTGGGGCATAAAGGTGAAGTGGCAGAAGAATTTGGTATAATCATGAAAGC
CCTGTGGACAGGACAGTATAGATATATCAGTCCAAAGGACTTTAAAATCACCATTGGGAA
GATCAATGACCAGTTTGCAGGATACAGTCAGCAAGATTCACAAGAATTGCTTCTGTTCCT
AATGGATGGTCTCCATGAAGATCTAAATAAA
gtaagaaatttgatttttctaagttgcagagactctttagggttgctcagtagcactgta
tttttatagcagtttaaaattctagttggtgatagttcagtgcttgtttattcaaatagt
gactgtataagagaattataaaacatcaggtaagtgtaatatttgaagcatatacagttg

Exon 22 +      72646      72882   0   Internal    237    96   Excellent
gagttttttttggtatttttggctagaattattttttgccacactcagtgagatcagaac
tcctttatgagaactacaggtgtttctaaatctggcaagtgtttgtattcacttttattc
tttcaatttaaatgttttctttgagatattaatatagagcttaaatcattttatttccag
GCTGATAATCGGAAGAGATATAAAGAAGAAAATAATGATCATCTCGATGACTTTAAAGCT
GCAGAACATGCCTGGCAGAAACACAAGCAGCTCAATGAGTCTATTATTGTTGCACTTTTT
CAGGGTCAATTCAAATCTACAGTACAGTGCCTCACATGTCACAAAAAGTCTAGGACATTT
GAGGCCTTCATGTATTTGTCTCTACCACTAGCATCCACAAGTAAATGTACATTACAG
gtaagtttaagaagtagagagaaaatgatttattggataaaaatgctgtttttatggata
tagagatgtaaatttctggtctttacccttacaaacattttatcagtaaaactcggccgg
gcgcagtggctcataccttgtactcccagcactttgggaggccgaggtgggcggatcacg

Exon 23 +      73887      73977   2   Terminal     91    78        Good
tgtcattgttcacttgtctatgcttctcactagatcacaagctttgggaaggcaggaact
cttttgtgtagattgctgttgaatcactggtgcctgcagagtgactaactaaataggtgc
tctctgacattattgaagaatcgaattaacgagtatctgctacttgtttttttctgccag
GATTGCCTTAGATTATTTTCCAAAGAAGAAAAACTCACAGATAACAACAGATTTTACTGC
AGTCATTGCAGAGCTCGACGGGATTCTCTAA
aaaagatagaaatctggaagttaccacctgtgcttttagtgcatctgaaacggtaaaggg
gaaagtttgtcctcctgttcagtgaaattaaatgagggaattttaagttctgtgtaattt
atacttgttgtactgcctgccatgggcacataacaaagggcgattatctggttacagtag

Exon 24 +      75701      75886   0   Terminal    186    95   Excellent
gtttcagtaagtatctctttgaactgaagactttttgtttcaaagcaagtttaaaaaaag
ttttaagtggtttcctacctcatggaagagtaagaacaacataaagctttgaaactattg
gcgtattttaaataacaattttaactgaattgatttttttttctatcttgtttggcacag
AATCACTACGGTGGGCTGGATGGAGGCCACTACACAGCCTATTGTAAAAATGCAGCAAGA
CAACGGTGGTTTAAGTTTGATGATCATGAAGTTTCTGATATCTCCGTTTCTTCTGTGAAA
TCTTCAGCAGCTTATATCCTCTTTTATACTTCATTGGGACCACGAGTAACTGATGTAGCC
ACATAA
ggagacataggttataaactagttatcttttaaaaggctcagcaacacaactcttgaaat
gcttatcaggataatggtagctatagctggccatttagaggaattctaggacagtgggag
ctgtgttactagcactatataattccggtcagtgctgacaaataacatttaacaagtatt

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