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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (73450 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (15 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       1256       1379   2   Internal    124    67    Marginal
gcgcctccttggctcctccggccactagactgcgctgtggtgttggaccccacccagcag
acagcggcgcccttcttggcccggctgcgccttcgccagtcggaaagcggatcgcaacga
accggaagtgctaaagcctccgaggccaaggccgctgctactgccgccgctgcttcttag
TGCCGCGTTCGCCGCCTGGGTTGTCACCGGCGCCGCCGCCGAGGAAGCCACTGCAACCAG
GACCGGAGTGGAGGCGGCGCAGCATGAAGCGGCGCAGGCCCGCTCCATAGCGCACGTCGG
GACG
gtccgggcggggccggggggaaggtgcagtatccgcccccttctccttctcctgcgccgg
cgaggcctgggccacggctcaccaggccctttccgcctcacggagggactgctcggcgcg
ttctcagggtcagcgcgctttgcggtttacccggcgcgccgccctgcccagtgcagagcc

Exon  2 +       6263       6628   0   Terminal    366    94   Excellent
aaagggatttataggcactgtgaagtagacctgacctcaatttttttttaatttcatttt
taaactgaacacagagaagggagagctgttgcttttcttactaagtttcattgcagctgt
gctaaaaagcatttttttcttgccctccccactcccccgctttttttttgaccctctcag
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GGAAAATGCAACATGGCAGCAGCAATGGAAACAGAACAGCTGGGTGTTGAGATATTTGAA
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GTTGAGCGGTATTCCTGGAGTCAGCTTAAAAAGCTGCTTGCCGATACCAGAAAATATCAT
GGCTACATGATGGCTAAGGCACCACATGATTTCATGTTTGTGAAGAGGAATGATCCAGAT
GGACCTCATTCAGACAGAATCTATTACCTTGGTGAGTACGAAGTTGTAGTTTCTGAGAGA
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taatcagtgacttttggtttcattaaagaaaagcctataatttgaagaattcgattttgt
tgtatcgcattaactttatttttacttgtaggtaacaagtcattaattgatcatgatcgt

Exon  3 +      18127      18282   0    Initial    156    71        Good
cgctccactgcactccagcctgggtgacagagtgaaactctgtctcaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaagagtcaataatgttggagattctaggatttcagtgctaaaagcaaaagatgg
tttttcagaagactggaataggtgactttcctttcacattaggcaacactggactatgga
ATGTATTCTCGAGAAGAAGAACTATTAAGAGAAAGAAAACGCATTGGAACAGTCGGAATT
GCTTCTTACGATTATCACCAAGGAAGTGGAACATTTCTGTTTCAAGCCGGTAGTGGAATT
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agcagaaaggtaattaataaacaaaccagcaacttcagtttacccaccaacaaagaaatt
taatagcaatgaaaacaagaaacatggagattggtttccaattttaagagcgattttttt

Exon  4 +      20907      21024   0    Initial    118    50    Marginal
gcgtaagtcaccacgcccggcctcattgttgacattttacctagaaatattgttcatctt
ataggaagggtgctggaacatgtatgtgtcagcctaatacttaccttaaaatgttgttta
cttttctagcaacaacctttaaggcccaatctagtggaaactagttgtcccaacatacgg
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ATTTGGATATCTAACATCGTAACCAGAGAAGAAAGGAGACTCACTTATGTGCACAATG
gtaaggcgtagttcttcagatttacttttctgaacagtattttttgaagtataatttgct
gcttgcattttgaaattagattaccacgttgggtgatctttatatttgaaattcaagtct
ttaaaatttttaaaaaatggagaaaagtacagaggataacttgtatgtaccacatgtata

Exon  5 +      28589      28699   1   Internal    111    95   Excellent
atgagattggatgatttgcccaaagtcagacattatggaccccagatttgaactcagtcc
gttcagctccagagtttaccactgtattccagccacctttccaaataaactgaatcattt
tgctttgtacctatgaaaagatagctttctgtgataattttgccttttatatttgtctag
AGCTAGCCAACATGGAAGAAGATGCCAGATCAGCTGGAGTCGCTACCTTTGTTCTCCAAG
AAGAATTTGATAGATATTCTGGCTATTGGTGGTGTCCAAAAGCTGAAACAA
gtaagggggttcaaaataatatattatgggtcaattaaagtattgttaagattcaactgt
catttaagtgcacagttctaaatcttggataatagatttgaaagcggataatagattcca
aagtgatgatgattgattcatgcccatagttatttaaaatatgtagattaggctgggcac

Exon  6 +      31077      31198   2   Internal    122    77        Good
ataactcaccttgctactgcaaagactagtgatattttcctacaaaaaaggcagcatatt
ttatacataagttattcttcactataagaaatctgatactagaaggaacggttggttatg
actactctctggaataattcttctaaattttcaatatttaaatttcttttaagctcccag
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TCATGTTACATCCCCTATGTTGGAAACAAGGAGGGCAGATTCATTCCGTTATCCTAAAAC
AG
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tgtagtcatccaaaggtgtagccaacaacattggtcatttccagccttatttacgacggg
ttgttcactaagtaccacaaaaatagattttgaattaaagggtgatctttttgattcttt

Exon  7 +      33712      33789   0    Initial     78    67    Marginal
ggccagggtggtctcaaactcctgacctcaggtgatccacctgcctcaacctgccaaagt
gctgggattacaggcgtgagccactgcacccgacctatacgttattcttaactaaagtgt
aaagaggattgatctggcaaaattaatttgagtaattttggataaacattactatcattt
ATGTCTCTTTCTAAAGGTACAGCAAATCCTAAAGTCACTTTTAAGATGTCAGAAATAATG
ATTGATGCTGAAGGAAGG
gtaagtataaaatgctgagttgaccttctgcgtcatttgactaatctattcagcccagta
gggttctttgatacacttttttatttttggacttgctgaacttgctgagatatcggtgga
tcatgattttagattgacctaattttttacttgcaaatcatcctgctggttcataagatg

Exon  8 +      37273      37374   0   Terminal    102    48    Marginal
taagtaccagtataggtaacccagaatttacttctagatttgctatatcctttgttcctt
tttaatacctaactctggaaaaattttctgctttttggataaattgttaaagtagactag
caagctaattatttatctaaatcttctataactagattctttttttttcttttttaatag
ATCATAGATGTCATAGATAAGGAACTAATTCAACCTTTTGAGATTCTATTTGAAGGAGTT
GAATATATTGCCAGAGCTGGATGGACTCCTGAGGGAAAATAG
tgcgtatgttaaattgttacttctttataactaatttaggatccagagctttggaatatt
tgtgctattaggtttgccttgtagttggagctgccttcacatgtaaatttgcagtacagt
tattactacacaaggcatttttcttgaattaagtggatttgtgcatttgtaatcctatag

Exon  9 +      38489      38666   2   Internal    178    87        Good
tgttcaagcttaaagtgtatttttaattaactatttgtaagtgataatttaatatacact
aaagcagttctttcatggtgattacagatataattgataggtgccaaaggagataatagg
gaaatctttttctgatagcttgctttatttctggttcttctcttttatttatttaaatag
TGCTTGGTCCATCCTACTAGATCGCTCCCAGACTCGCCTACAGATAGTGTTGATCTCACC
TGAATTATTTATCCCAGTAGAAGATGATGTTATGGAAAGGCAGAGACTCATTGAGTCAGT
GCCTGATTCTGTGACGCCACTAATTATCTATGAAGAAACAACAGACATCTGGATAAAT
gtatgcattttttcctgtatttgtttaaatattttctcagaatgctaaagcaaatgaagt
tatatagcaaactatcaaaatgcatttttttttaagtttaaagggaccatgttatttctt
tagtatgagcatttccaattggagtgatggttccagaatggaatggtttgtattgataga

Exon 10 +      44600      44679   1   Internal     80    68    Marginal
tgcagtggcatttagtacattcacaatgctgtgcaaccatcatctctgtctagttccaaa
acatttttattaccccaaacataactttttggaaaaaagagcttagagtactgttcttaa
ttgtttcatttgcttatagtctggtataatgtactgaattataattatatttatcttcag
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aaatgagtaatgtaatttaatatgaccccggtatttttttttccgagacagagtcttgct
ctgtcgcctagggctggagtgcaatggggtgatctcggctcactacaacttccacctccc

Exon 11 +      62517      62663   0   Internal    147    74        Good
gtgaagttaagcaagaagcaaataaacagacttgttaatttaaaaagaaatgacttaaaa
aattacattttaaaggtaaaataatagtgaaattaagctttctatttcttgcaatgccca
gccgctcttgggtttttatatgcttccatatgataaactgaagttgtgtttcttcctcag
GTGCAGTTGGTGAATAATCGGTTTAAAGGAGTCAAGTATTTCCGCTTGAATACCCTAGCC
TCTCTAGGTTATGTGGTTGTAGTGATAGACAACAGGGGATCCTGTCACCGAGGGCTTAAA
TTTGAAGGCGCCTTTAAATATAAAATG
gtgtgtgagcataaaacacttttcttttacagacatttacattttctggtccattgtttg
gtgtgaaacccttgaaagagagttgggggaaggggctatgaatgagtgagtgagagtgta
tgtgttagagtttgggggtgggagagaagatgcaacttgatgtacaccctacttatacgt

Exon 12 +      63808      63901   2   Terminal     94    87        Good
cttgggaggcttgaggtgggaggataacttgagcccgggaggttgagctacagtgatccc
tggtcacactactgcactccaacctggacagcagagtgagaccatgtctccaaaaaaata
gataaaaaggaaaagtaaaattaattacttaaggggctaattttttgtctttgggtatag
GAAGGCTTGTTACAAGGAAGATGCTGACCTCTTAGCAGACAACAGAACAAATGGAAATGG
GAAATACCCAAATAGCAAGGGACAGTTTGAGTAG
cagtaggagggagctttatgactaagtggtaactaaactctaggacaggctagcaacaga
agatataggcccctatctccaaatagatttttaaaaaatttgagggagagggggcaacag
aatctcagttggtaataaactctaatctaaaaaaacctacggggccgggtgtggtggctc

Exon 13 +      64473      64625   0   Internal    153   100   Excellent
gagactgcgtcattgcactccagcctgggtgacagagtgagactccatctcaaaaaataa
ataaaataaaaattaaaacacctacaggtatttttagtaaaaacatttatcatctttgaa
agcactcttacgagacttttattcatcagaatcagtgaaatgttctcccttttttgacag
GGTCAAATAGAAATTGACGATCAGGTGGAAGGACTCCAATATCTAGCTTCTCGATATGAT
TTCATTGACTTAGATCGTGTGGGCATCCACGGCTGGTCCTATGGAGGATACCTCTCCCTG
ATGGCATTAATGCAGAGGTCAGATATCTTCAGG
gtatgtgacttcctattatactcatttttgcaataagggtagatttttctgtaaatggag
gatatatgaaaatgtctattttctgaaggtttacagagttggcaattttttttttttttt
ttttttgagacgaagtcttgctctgtaacccgggctggagtgcagtggcgcaatctcagc

Exon 14 +      66753      66928   0   Internal    176   100   Excellent
atgcccatggaacatgaaactgactcacagagtatcaaattcttgaccttagcgcttcac
ttcgtattctgagttgcctaagacatgtatgcgccagtagtaaggctaaagcttaaggat
aattttagactgtaaatttgcagttgtaagatctcactgctagccactctctttttccag
ACCACACTTGACTGTCAATGTCATCTTATGCAGGTTGCTATTGCTGGGGCCCCAGTCACT
CTGTGGATCTTCTATGATACAGGATACACGGAACGTTATATGGGTCACCCTGACCAGAAT
GAACAGGGCTATTACTTAGGATCTGTGGCCATGCAAGCAGAAAAGTTCCCCTCTGA
gtaagtgcaagcttttttttttttttttttaaattgagacagggtctcactctgtcactt
aggctggagtgtagtggcatgatcagggctccctgcagcgtcaaactcctgggctcagag
gatcctcccacctcagcccccgagtagctgggtttacaggcacgtgccaccatgcccgcc

Exon 15 +      67778      67889   2   Internal    112    70        Good
ccttcattgcatgtggcatctggttaatatgttacaaatttaatattgaaaatactgaat
tcttattctaacattacagtataaggaagttaatatggttaagtatgattaaataagtga
aatggttttcccaaatactctactattttgcctaatcctctaatatttccatttctccag
ACCAAATCGTTTACTGCTCTTACATGGTTTCCTGGATGAGAATGTCCATTTTGCACATAC
CAGTATATTACTGAGTTTTTTAGTGAGGGCTGGAAAGCCATATGATTTACAG
gtgagttactctacattttctagttaaatgcagtcatgattagtgattgattactttgaa
atctattagctgtggggtaagtccagatttttagagtgtccaccctctgcttaagagaac
taaagtaagaggcatatttagtagtgcctgtagttggataaaaattaagattctgttgca

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