-------------------------------------------------------------------------------- GrailEXP v3.31 [March, 2002] http://compbio.ornl.gov/grailexp/ Authors: Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and Edward C. Uberbacher, 1996-2001 Reference: "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences", Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4, Number 3, 1997 Sequence: >GrailEXP Input Sequence (64640 bp) -------------------------------------------------------------------------------- PERCEVAL Exon Candidates (26 predicted) Index Std Begin End Frm Type Len Scr Quality Exon 1 + 1147 1315 0 Internal 169 72 Good accgagaaagctggtgtgggagcttcgtacaatgattggccaatgaatgacccccggggc ggagcaatgggggtgggcggggagaccatggtgattggaccagaagcccgcgacggcggg cggggattggctgcgcgctgggtcagggaagcctgggaaggggcggaggaaggagactag AGCAGGAAGAGCAGCGGCGAGGCGGCGGTGGTGGCTGAGTCCGTGGTGGCAGAGGCGAAG GCGACAGCTCTAGGGGTTGGCACCGGCCCCGAGAGGAGGATGCGGGTCCGGATAGGGCTG ACGCTGCTGCTGTGTGCGGTGCTGCTGAGCTTGGCCTCGGCGTCCTCGG gtcagtatccgccccctcgggctgaaggcccagagcctccgccccccagcctctacagcc ggcggggccgtggggactccaggctcgggaccccgttctccctgggcacatctcgcactg ggctgtcactcgctctttggctttgcttggcctgcgccaaaggggctatttaggaaggtg Exon 2 + 7252 7289 1 Internal 38 94 Excellent tttttcctttcacttgatcttttctgaacaattgctgaatatagctaactttaaaataat tctatgtttatttatccaatgtttgattattatttgctatacttttcacatgttttcttt taataataactaatttcccaacaagaaagattactaaattgtcttaaaatttctttgcag ATGAAGAAGGCAGCCAGGATGAATCCTTAGATTCCAAG gtatgtactaaaatgtgtattggccagtatttgctgcctgatttaaaaggatgaattatg tatcttagaaaggatatgaggtctgcaacttttgagtaacagttgaattaaaaaggacag aaaaagacagatggtattagtattagttctagtttttctggaggaagaaaaaattactga Exon 3 + 8026 8244 0 Internal 219 87 Good caagttaggtgatgaaggaaggcacgtgatggacacatgccaaagcctatagagatgagt gagtgtggcacttcaaggagctgaaggagatgtgatatctggattagtaaaaataacggt caaatagggttggggaaagtcttggcattgttgataactaaaaatactttatattctcag ACTACTTTGACATCAGATGAGTCAGTAAAGGACCATACTACTGCAGGCAGAGTAGTTGCT GGTCAAATATTTCTTGATTCAGAAGAATCTGAATTAGAATCCTCTATTCAAGAAGAGGAA GACAGCCTCAAGAGCCAAGAGGGGGAAAGTGTCACAGAAGATATCAGCTTTCTAGAGTCT CCAAATCCAGAAAACAAGGACTATGAAGAGCCAAAGAAA gtacggaaaccaggtagtctggacattttccttgctttttgatttatttaggggacaact gaaaattttaagctaatgaataaagaggctgaagaagactggcttcactgattattaccc 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