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GrailEXP v3.31 [March, 2002]                   http://compbio.ornl.gov/grailexp/

Authors:  Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and 
  Edward C. Uberbacher, 1996-2001

Reference:  "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences",
  Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4,
  Number 3, 1997

Sequence:  >GrailEXP Input Sequence (80442 bp)
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PERCEVAL Exon Candidates (16 predicted)

 Index Std   Begin       End     Frm    Type     Len    Scr    Quality

Exon  1 +       1660       1781   0    Initial    122    90   Excellent
gggtacgggagattagttgtgcacagagcagtgctggtcgggcttgggggtggctggtgg
gcactgcgtgggaaaccttggtttgtagttttcttggtttgcgttactcctgttgggtag
aattaccctccgcgcctttgtacaagacacggtgtctcctggggcaaggaaggagccagg
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GACTTTGATGCTAGCCTGTCCGGGATCGGCCAGGAACTGGGTGCTGGTGCCTATAGCATG
AG
gtgagtgagattttcccagaccctacaccttctgaataacaaaggcggatagacactaag
aaaaggggttgagtgggaaggaggtgtatagagttttaaaaagctgtttacgattgggga
aaagggacttgttcttttgtcgctttgagtagttagtgttgtggaagaaatggaaaaagc

Exon  2 +       1934       2022   1   Terminal     89    69    Marginal
aactgggtgctggtgcctatagcatgaggtgagtgagattttcccagaccctacaccttc
tgaataacaaaggcggatagacactaagaaaaggggttgagtgggaaggaggtgtataga
gttttaaaaagctgtttacgattggggaaaagggacttgttcttttgtcgctttgagtag
TTAGTGTTGTGGAAGAAATGGAAAAAGCGATTGTAGGCGATATGAAGCCTGTGCAGAATC
AGTGGAAGAAGGAAGTGGTCCCTGATTAG
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tatgtgtgggtaagtctgacgttgtgtgaagaagggttacatatagcataggaatggtat
ctaggaagttgggaaattgggagctggtgcttaatgatgaatattggttcgtttcttgtt

Exon  3 +       2479       2526   0   Terminal     48    88        Good
ttaaaacataagctgtgaaatgaaaaagtgacgaagaaaacttaagatgcttctggatct
ttatgtatcaagccagttgttgataacagatgaaaaatctcctttcggccgggtgcggtg
gctcacgcctgtaatcccagcgctttgggaggctgaggcgggcggatcacttgagctcag
GAGTTCGAGACCATCGTGGCCAACGTGGTGAAACCCCGTCTCTACTAA
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tgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagcagagatggtgtc
attgcactccagcctgggcaacaaagtgagactccatttgaaaaacaaagcaaaacaaaa

Exon  4 +      17353      17592   2   Internal    240    56    Marginal
actctttcccctatccttactactgcacttgactagttttttggggaaaaagattaataa
accaattgtacaccaacaaattgggtaacctagatgaaatggtcacatcctagaaacaca
aaacctaccaagactaaactactaagaaatagaaaatgtaaatagtctcataactcatag
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GCTGGTGAATTCTATCAACATTTCAAGAAGAACTAACACCAATCCATCTCAGACTTTTCA
AAACATTGAAGAGGAAAGAACACTCACTAATTCATTCTGTGAAGTCAGCATTATCTTTGA
CATAGTTTGGATATGTGTCCCTCCAAATCGCAAGTTGAGATTTGATCTGCAGTGTTGGAG

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ggtgtggtccctatggtaatgagtgcatttttgctctattagtttactcaagagctggtt
gtttaagtgtggcacctcccccccccttgcttcctctgttgccatgtgacatacctgctc

Exon  5 +      48675      48701   0    Initial     27    42    Marginal
aggttagacagaagggctaaagaaagcagaagcaaagaacagagtatattagttactttt
caattagttactttttcttacaaggctgggagagggagacagaacaatagaaaaataact
ggttgattcatatggaggtcagagtggaagcaggtgtgagagggtcccacagaagaaaac
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ggatgttgggcacagagctgtcatctttgactgattccaggacaaaaatgacaggacatt
gtggtaggggactcactttctcatcccatgggtacagaaaccaattatctttgcctttct

Exon  6 +      48914      49051   2   Internal    138    88        Good
gacctgtgaactctgccttatataatgtggatgttgggcacagagctgtcatctttgact
gattccaggacaaaaatgacaggacattgtggtaggggactcactttctcatcccatggg
tacagaaaccaattatctttgcctttctccaccacgtaatgtaccaatcatcactggtag
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GCTTCCTCGCATCTTCACCAGCATCGGAGAGGACTATGATGAGCCTGTGCTGACGTACAT
CACGACCGAGATCCTCAA
gtcagtggtggctcgctttgatgctggagaagttatcactcagagagagctggtctccag
gcaggtgagcaacgaccttacggagcaagcagccacatttgggctcatcctggacgacgt
gtccttgacatatctgacctttggaaaggagttcacagaagcagtggaagccaaacaggt

Exon  7 +      50732      50774   2   Terminal     43    81        Good
gcagcaactacttagaatctaccagaatgggtttgggttttccttttctaaactcacctc
tgaggaagagcagacttttgtatttccaaaattgtttctttctggatgcacttgtttttg
ttttggtataaataggggcctagaattatatttacagtgacctttaacctctatctctag
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aaactctttgatgaggaaatacagtcttgtgtatttggtttggctgtactgttttgagtt
aattttaggggtaactttgagaatcagttttagaattccagccccagatgacagtccttt

Exon  8 +      55215      55461   0    Initial    247    66    Marginal
aatttccacagtccttttaggaacccctgtctatgattcctagaaacattctctttaaca
cttagtggttttagcagtgaatatctgtcatcacccacactgttgtggtcagggggatat
cacagcaggtaatctaaatggaattcttgggatgaaactccaccaaggtgagtaatgttt
ATGGCTTTCCAAAGCATTGCAGTTAAATCATTCAGCAATAAACCTGCGTTTGCACCATTG
CCAGGTATTAATGTGAGTCATTTGTTTTATTTTAGTGATGTCCTTGCATTGCCCATTTTT
AAGCAAGAAGAGTCGAGTTTGCCTCCTGATAATGAGAATAAAATCCTGCCTTTTCAATAT
GTGCTTTGTGCTGCTACCTCTCCAGCAGTGAAACTCCATGATGAAACCCTAACGTATCTC
AATCAAG
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tcactgcaagctctgcctcccgggttcacaccattctcctgcctcagcctcctgagtagc

Exon  9 +      56335      56411   1   Internal     77    95   Excellent
tgagataatgtgacaatacttagcacagtgctgagcatcttgtaaaggcttctgattgtt
gttactaatactaataatattattatactgttgtatattcaaccaactgaattttattct
ttccgaatctagcaaagttaatttgtggtgaatataatatgtaattactttttcttctag
GACAGTCTTATGAAATTCGAATGCTAGACAATAGGAAACTTGGAGAACTTCCAGAAATTA
ATGGCAAATTGGTGAAG
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attttgttgttgttgttaatgttcttttgcttccaatggcttaatggtatctcttgcctg
cagtaatttgttggcagagtagtaagctgatgtgttatttctttggggtcagagtaagcc

Exon 10 +      57662      57767   0   Internal    106    95   Excellent
aaaattttatcctgaaatagcacttagtatggtatgggttttagagtgaaacagatctta
agaaaaataattttagattgcgtttagaaacaaactggcagtgaatcctgctagtttttc
tttgtcagcactgattttcaagaggtcttgttatcatctgattttgttgtatccttttag
AGTATATTCCGTGTGGTGTTCCATGACAGAAGGCTTCAGTACACTGAGCATCAGCAGCTA
GAGGGCTGGAGGTGGAACCGACCTGGAGACAGAATTCTTGACATAG
gtgagttaagagaatctattgcctaggaaatgcctttagctatggacccagagttggttt
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aaattatttactaagcataaaaaattttaagtaatacaagttaaaatgatatcaaaattg

Exon 11 +      64809      64976   0   Internal    168    81        Good
gcatttttctatttcctctatcagattgtaagttcttcaagatcaaaaagaggaaaagtg
ttttttgtaggtattcataatgcctggtaaaggttttgctgttaatagttgctaaaaaaa
tactgccaactggtttggctagctagcggtactgaagccttgctgttgtattcttttcag
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aaaatcaacttgtctttttttgaaaactcacacacacgcaaaaagtctaagctagagtca
ttgaaataattaccaagatgcctggtaaagaaatttacatggtcgtaggataataggaac

Exon 12 +      66778      66846   0    Initial     69    43    Marginal
acttaaagtgatgtgtcttgcctttacatcactgcacatacaattttgtttcatacatga
atatttaagtttttggaagcaatattttgggttaaaaggtgagtacctgaatttaaaaca
aaatatttctcatttcagcccaaaggtgcagacagaaagcaaaaaacggatagggaaaaa
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CTCACAGAG
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Exon 13 +      72057      72147   1   Internal     91    53    Marginal
gggggaattgagacgggagaggagctaggagccaggtcatgaagggccttatatgccatg
aagaaaattatggattgtaacattctggtaatgaggtgtccttataatacagcccatttt
aatagtcattaacaaagagaatctttgcctttatcatccattttcttatatttattccag
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Exon 14 +      74303      74431   2   Internal    129    93   Excellent
gaaaaaaaaaaccctactactggggaactaataaaacatagcaaattaattgcatttggc
caatgagcttccaattttcatctgctctatacgattaatgtagaaacacaatttctccct
tctttttattgtgcttaccataaagaatgtaagactaattagcctttttcctccccttag
GATGGTGCGTCCAAGGTTAACCATTTATGTTTGTCAGGAATCACTGCAGTTGAGGGAGCA
GCAACAACAGCAGCAGCAACAGCAGCAGAAGCATGAGGATGGAGACTCAAATGGTACTTT
CTTCGGTAG
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gcatttattaagttcctaatacatggcaggtgccattctttttttttttttttgagacag

Exon 15 +      76555      76635   0    Initial     81    52    Marginal
aaacatcttttattgattatcctactatatttgtttgaaataaagtttttaaataaaaat
ttaaaaattattataatggaattatcataattatacaattgattaaaataatgtaaatat
gctacatgttttaataagtaattattaaagattaagaaggctgcccaggcgcaatggctc
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AAGACCATCGTGTCCAAGATG
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aatcccagctacttgggaggctgaggcagagaactgcttgaacccgagaggcagaggttg
cggtgagccaagattgcgccaccgcactccagcctaggcgacagagcgagacttcatcca

Exon 16 +      78842      78956   2   Internal    115    58    Marginal
agtccagtggcgtgatctcagctcactgcaacctccacctcccttttctccccttctcac
gagaatcttaccatactttttttctcctgctgtgttttagaggtgactaaagatgattct
ctctctctcttttttttaacagcagaaaccaatgatagctatcatatcatactgaagtag
GAGTGCGGCGTTTCGTGCCCAGTGGCTGCTCCTTCCTTCACCTCTGAAAACGGCCCTCTT
GAAGGGGGATATGAATGGAGATTTGAAGGTCTGCAAGAACCTGACTCGTCTGACT
gtgtgtggaggagtccaggccatggaggcagaatcctggccctctgtgttggcccaagct
cttgtggtacacacagattactgcccaatatgcagttctgcagctgttttagttaaattt
ctggaccttgttgttgttaaatatcagtagaaactctacataatttagagtgtatgtagg

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