-------------------------------------------------------------------------------- GrailEXP v3.31 [March, 2002] http://compbio.ornl.gov/grailexp/ Authors: Doug Hyatt, Manesh Shah, Victor Olman, Richard Mural, Ying Xu, and Edward C. Uberbacher, 1996-2001 Reference: "Automated Gene Identification in Large-Scale Genomic Sequences", Xu, Y. and Uberbacher, E.C., Journal of Computational Biology, Volume 4, Number 3, 1997 Sequence: >GrailEXP Input Sequence (40810 bp) -------------------------------------------------------------------------------- PERCEVAL Exon Candidates (16 predicted) Index Std Begin End Frm Type Len Scr Quality Exon 1 + 1022 1169 2 Internal 148 73 Good ccgcgtctctgcgcctttttaggcccctccccctcggtcgtgcccttgtcatctcttagg ccccgtctcaccctttcggatgcctcccctagaaccctaccactttccacccctttccgt ctgttatttctcccaaacttgcgcccgcacaggcccctctggaacactcctgccccgtag TGCCCCTCGTCCCCGCTCCGTAGAGAAAGAGCGTGCGTGCCGCGCATTTCTGGCCTGGGG AGCGGGTGGAGTAAACCTGCGGGAACCATTTTACGACAACGTGCGGCTGTGCGGTGTGGC TGACGGCAACGCCGCTGCTCTTGGAGAG gtcactccggagacggcgttggttttggggtgtggggggttggtggcactatgtggcgcg tctgtgcgcgacgggctcagaatgtagccccatgggcgggactcgaggctcggtggacgg ccttgcaggaggtacccggaactccacgagtgacctcgcgatctggcccggctcccgctc Exon 2 + 1945 2046 0 Internal 102 100 Excellent aagcctgtcactggaaattactaacttctcatggacaggaactcccttggcatccctagt tcccaatgtgcaatggaactgtatacactttgcatgaaattgaattgaatgaaatcttaa gccagactgagagttaggtagtccttaaaaattttaatgtttcttcttttccttttccag GTTCCATTGCCTTCTCTTTCCCCCACAATGCAGGCAGGCACCATAGCCCGTTGGGAAAAA AAAGAGGGGGACAAAATCAATGAAGGTGACCTAATTGCAGAG gtaagtttttttttttttttttaattaatttatttattttttttattgatcattcttggg tgtttctcgcagagggggatttggcagggtcataggacaatagtggagggaaggtcagca gataaacaagtgaacaaaggtctctggttttcctaggcagaggatcctgcggccttccgc Exon 3 + 4313 4386 0 Initial 74 77 Good tccagccttggtgacagaatgagactctgtgtctcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa ttctagacacaagctaataaattacataccaacagtacaaacctgagctactgctttttg tgttaaaaggttgaaactgataaagccactgttggatttgagagcctggaggagtgttat ATGGCAAAGATACTTGTTGCTGAAGGTACCAGGGATGTTCCCATCGGAGCGATCATCTGT ATCACAGTTGGCAA gtgagtagtgcgctcataatttgtggaacttcattgcttggtggagtattttacccagaa ttgagaattaggagttaaagactattttttaagactacttttgtgaaagctgaatctgcc cattatatttatgcattctttctcttccttaggcctgaggatattgaggcctttaaaaat Exon 4 + 4756 4788 1 Internal 33 55 Marginal gattcctcagcagcacctaccccacaagcggccccagcaccaacccctgctgccactgct tcgccacctacaccttctgctcaggctcctggtagctcatatccccctcacatgcaggtg aggctcagcctctgagtttttgctctaggtgattacttacttactcactttttttcatag ATGGCTACTACATCTTGGAAACTGACATTAAAT gtggttaggtcttgtcatttgggagtatataggtttaaacatgaagattgacaactattc ttcctggttgttatttccagttataagaacttgaacagttcctgtaacctttctcagcct cagtgtagtacacagggtaatgcgtggcacttttcattcaagaacattacattacagatt Exon 5 + 5973 6084 2 Internal 112 59 Marginal ctggagctgagtgtctaagtttaaaattttcgtctgcgaatgtctcctggtaaatactgg cgactccagtaccatctccattaacaaaatctccaccctaaatcatgaaatcctttatga ccctgtggaaagtgcttcctttgtatcctattggaaccccatcttttctgaattctctag TGCAGAACTACCCAAAGTTCTCGGTCGTCTTAGGCACAACGTCTGCAGAGAGCTCGATCT TTGTGCGGCCAACTTCCTGACTGCCATTGCTGACATCAAAGAACACCATGGG gttagcagggcttgaagttgccaccaccatggctctgacccggaaacggaagtcggggga tcatatttcagcatgagatttggaggggacagacatccaagctgtatcataggtgtcaag tgctgtctgttgaatgaaagtccccagttggtgttcttttgacatgtggtgatctatttt Exon 6 + 9178 9277 0 Initial 100 79 Good 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